Фаррелл родился в Квинсе (Нью-Йорк), в еврейской семье. Он провел детство в Вудмире (англ. Woodmere), на Лонг-Айленде, и переехал в Майами, в юности. Его отец был ювелиром, мать была художником, она покончила жизнь самоубийством, когда Фарреллу было три года, это событие было отмечено в одной из песен Jane's Addiction, «Then She Did».
Среди его первых музыкальных пристрастий, были: The Beatles, The Rolling Stones, Led Zeppelin, Слай Стоун и Джеймс Браун. Вскоре после этого он открыл для себя музыку Дэвида Боуи, Игги Попа и Лу Рида. В начале 1980-х, после окончания средней школы, Фаррел переехал в Калифорнию, чтобы жить как сёрфингист, он жил в своей машине и зарабатывал деньги на стройках и собирая различную мебель. Фарелла можно увидеть занимающемся сёрфингом по всему миру, особенно на Бали, в 2001 году.
Он стал фронтменом готик-рок группы «Psi Com» в Лос-Анджелесе, а также путешествовал в большом сообществе музыкантов по окрестностям, включая группы Red Hot Chili Peppers, X, Fishbone и Minutemen. В 1985 году, «Psi Com» распались и Фаррел познакомился с Эриком Эвери через общих знакомых. Они начали репетировать вместе, и вскоре их сотрудничество переросло в первоначальный состав группы Jane's Addiction. Именно в этот период Перец взял себе псевдоним Перри Фаррелл, как игру слов от «периферический» (англ. Perry Farrell - peripheral).
Jane's Addiction сделали себе имя в середине 1980-х годов, в Лос-Анджелесе, они быстро завоевывали новых поклонников, своими легендарными высокэнергичными шоу в небольшой рок-клубах Лос-Анджелеса, движимых высоким вокалом Фаррелла, маниакальными танцами и популярностью наркотиков среди публики. Jane’s Addiction выпустили три альбома, до их первого распада: «Jane’s Addiction», «Nothing’s Shocking» и «Ritual De Lo Habitual», последний получил наиболее хвалебные отзывы. Альбом содержащий би-сайды из материала записанного во время сессий для третьего альбома, получил название «Live and Rare» и был выпущен в Японии.
В 1993 году Фаррелл и его экс-подруга Кейси Никколи (англ. Casey Niccoli) выпустили фильм под названием «Gift», при участии Jane’s Addiction. Фильм был выпущен компанией Warner Bros..
После распада Jane’s Addiction, Фаррел сформировал группу Porno for Pyros с бывшим напарником Стивеном Перкинсом, а также новичками: Питером ДиСтефано на гитаре и Мартином Леноблем на басу. Вместе они выпустили два альбома, «Porno for Pyros» и «Good God’s Urge».
В 1997 году участники Jane’s Addiction собрались вновь, совершив короткое турне, басиста Эрика Эвери заменил Фли из Red Hot Chili Peppers. По окончании Relapse Tour группа выпустила «Kettle Whistle», альбом с раритетными материалом и четырьмя новыми песнями.
Фарреллу иногда приписывают изменение судьбы фестиваля музыки и искусств в долине Коачелла. После провального первого фестиваля 1999 года, мероприятие не стали проводить на следующий год. В 2001 году было принято решение организовать фестиваль ещё раз, но всего за несколько месяцев до запланированного начала фестиваля, к тому же, ещё не была выбрана группа хедлайнер. Фаррелл, который дружил с организаторами фестиваля, решил возродить группу Jane's Addiction для участия в фестивале, это помогло привлечь публику и позволило фестивалю окупиться, а также приносить прибыль (которой не было в 1999 году). Это послужило началом традиции Coachella, воссоединения по крайней мере одного известного исполнителя каждый год. На сегодняшний день, Фаррелл является единственным исполнителем, который выступал на каждом фестивале Coachella.
Фаррелл снова гастролировал с Jane's Addiction в 2001 и 2003 годах. В 2003 году Jane’s Addiction выпустили альбом «Strays». Он быстро стал одной из самых продаваемых записей в мире, достигнув золотого сертификата в США и серебряного в Великобритании. Они активно гастролировали в Северной Америке и Европе, были хедлайнерами на Lollapalooza, организованным Фарреллом, впервые с 1997 года, а также выступили на фестивалях Big Day Out, в Австралии и Новой Зеландии. Творческие разногласия и личные амбиции участников, вновь привели к расколу группы, в начале 2004 года. Компиляция лучших хитов, изданная после второго распада группы, была выпущена в 2006 году, под названием «Up from the Catacombs – The Best of Jane's Addiction».
В 2005 году музыкальный продюсер Тор Хаймс (англ. Tor Hyams) подошёл к Фарреллу с идеей создания детской сцены, с специальными семейными тарифами на билеты. Фарреллу понравилась эта идея, сцену назвали Kidzapalooza и открыли в том же году, её продюсирует Хаймс и она существует по сей день, среди музыкантов выступавших на этой сцене были: Слэш, Патти Смит, Лиэнн Раймс, а также сам Перри Фаррелл.
В 2006 году Фаррелл организовал концерт Purimpalooza, в честь празднования еврейского праздника Пурима. Это был концерт для всех возрастов и демонстрировал различные еврейские музыкальные коллективы. Концерт проходил в клубе (Сан-Франциско), среди выступавших групп, были: «Moshav», «Chutzpah» и «Matisyahu».
В декабре 2001 года Фаррелл полетел в политически неспокойной Судан, с другими членами Международной организации христианской солидарности, чтобы договориться об освобождении суданских рабов. Jane's Addiction пожертвовали свои доходы от одного концерта, для выкупа свыше 2300 человек. Как только соглашение о выкупе было подписано, Фаррел организовал свободные общины в различных местах страны.
Он присоединился к Тому Морелло и Сержу Танкяну, чтобы участвовать в их туре Axis of Justice, с целью собрать деньги для бездомных в Лос-Анджелесе, кроме того, они вместе убирали мусор в девятом районе Нового Орлеана после урагана «Катрина», чтобы помочь местным музыкантам. Они финансировали некоммерческую организацию «Дорога к восстановлению», которая помогает молодёжи, избежать оскорблений на расовой почве. «Он начал танцевать и петь», говорит его коллега; «Я не знал что произойдет дальше, но потом все присоединились к нему. Все танцевали. Даже арабские поисковики присоединялись. Христиане, мусульмане и евреи все танцевали вместе. Арабы, африканцы, американцы и европейцы — все».
31 января 2007 года, Фаррелл встретился с премьер-министром Великобритании Тони Блэрмом, на Даунинг-стрит 10, чтобы обсудить проблемы глобального потепления. Он подарил Блэру компакт-диск с синглом Satellite Party, «Woman in the Window».
Фаррелл является приверженцем экологичного образа жизни, и планирует выпускать свои дальнейшие записи в цифровом формате.