Брат Йохана Афцелиуса и Адама Афцелиуса.
С 1801 года — профессор медицины в Уппсальском университете.
В 1812 году — лейб-медик наследного принца Карла-Иоганна.
В 1815 году получил дворянство (и приставку «фон» к фамилии).
В 1820 году оставил учёную деятельность.
Афцелиус много сделал как для науки, так и для Уппсальского университета и долгое время был одним из знаменитейших врачей в Швеции.