Хранитель (1841) и директор (1848) библиотеки Пражского университета.
Родился 13 мая 1795 года в c. Кобельярово, комитат Гемер, Австрийская империя (ныне район Рожнява, Словакия).
Отец — (Павел Шафарик) был евангелическим пастором и школьным учителем.
В 1810—1814 годах учился в протестантском лицее в г. Кежмарок. В этот период он прочитал статью И. Юнгмана о чешском языке, которая произвела на него большое впечатление.
В 1814—1816 годах в Вене (журнал «Prvotiny p?kn?ch um?n?») и в Левоче (отдельная книжечка) публиковались стихи Шафарика.
В 1815—1817 годах учился в Йенском университете. Покинув университет, Шафарик один месяц провел в Праге (познакомившись там с Йосефом Добровским, Йосефом Юнгманом и Вацлавом Ганкой).
В 1817—1819 годах работал частным учителем в Пресбурге (Братислава). Там он регулярно общался с Ф. Палацким. В 1818 году вышла книга «Po??tkow? ?esk?ho b?snjctwj obwzl?sst? prozodye» («Начала чешского стихосложения, особенно просодии»). Книга (выполненная в форме переписки) была написана Шафариком совместно с Ф. Палацким и опубликана анонимно. Там рекомендовалось использовать для чешского стихосложения тонический, а не метрический принцип.
В 1819—1833 годах был учителем и директором в сербской православной гимназии в г. Нови-Сад (тогда — город на юге Венгерского королевства).
В 1823 году в Пеште издано собрание словацких народных песен: «P?sn? sv?tsk? lidu slovensk?ho v Uh??ch». Публикаторы указаны следующим образом: Sebran? a vydan? od P.J.?afa??ka, J.Blahoslava a jin?ch (за «иными» скрывался Ян Коллар — участие протестантского священника в публикации фольклорных текстов для того времени показалось слишком вызывающим, чтобы объявить о нём открыто).
В 1826 в Буде (нем. Ofen; в ряде источников в качестве места издания ошибочно указан Пешт) опубликована его первая серьёзная научная работа, «Geschichte der slawischen Sprache und Literatur nach allen Mundarten».
В 1833 в Пеште издана его работа «Serbische Lesek?rner oder historisch-kritische Beleuchtung der serbischen Mundart» (И. В. Ягич пишет, что Шафарик собирался осуществить большую публикацию старых сербских грамот с комментарием, но опубликовал только филологические комментарии, которые и составили «Serbische Lesek?rner»).
В 1833 году Шафарик переезжает в Прагу.
В 1834—1835 годах — редактор журнала «Sv?tozor», в 1836—1847 — книжный цензор.
Одной из основных работ, над которой он работал в Праге, были «Славянские древности» («Slovansk? staro?itnosti», в 1837 году вышел первый, историко-географический том). Результаты этнографических работ Шафарика отражены в книге «Slowansk? n?rodopis» (Прага, 1842). Кроме того, Шафарик занимался исследованием глаголического письма.
К сожалению, его вклад в изучение чешских древностей оказался довольно неоднозначным, так как он считал фальсификации Вацлава Ганки подлинными. В 1840 году совместно с Ф. Палацким он публикует «Die ?ltesten Denkm?ler der b?hmischen Sprache» (книга в основном посвящена фальсифицированным текстам — их публикации и анализу), в 1847 — «Elemente der altb?hmischen Grammatik» (качественный лингвистический анализ был основан на тех же фальсификатах и поэтому сейчас не может использоваться).
Некоторые работы Шафарика были изданы только после смерти исследователя его зятем Йосефом Иречком.
Оказал влияние на развитие славяноведения в других странах, в том числе в России. Его советами пользовались, в частности, И. И. Срезневский и О. М. Бодянский.