В 1972 году окончил экономический факультет Ульяновского сельскохозяйственного института по специальности «экономист», в 1985 году закончил высшую партийную школу в Хабаровске.
В 1973—1980 гг. работал строителем, прошёл путь от экономиста участка до заместителя генерального директора ПО «Якутскгеология».
С 1980 году был председателем Вилюйского райисполкома (Якутская АССР), затем возглавил горисполком Якутска.
Был членом КПСС до августа 1991 года.
В 1988 году был избран депутатом Якутского городского Совета.
В 1990—1993 гг. — председатель Якутского городского Совета.
В 1990 году был избран народным депутатом РСФСР. На Съезде народных депутатов РСФСР в мае 1991 года значился в списке депутатской группы «Отчизна». В феврале 1993 г. вошёл во фракцию «Согласие ради прогресса». Был членом комитета по делам женщин, охраны семьи, материнства и детства.
В ноябре 1993 года стал управляющим делами президента РФ.
В декабре 1995 года на выборах в Государственную Думу РФ вошёл в общефедеральный список «Блока Ивана Рыбкина», который не преодолел пятипроцентного барьера.
Распоряжением президента от 12 июля 1996 года Павел Бородин получил благодарность за активное участие в организации и проведении выборной кампании президента РФ.
Возглавлял государственную комиссию по приёмке в эксплуатацию зданий, сооружений, инженерных систем и систем связи Большого Кремлевского Дворца, Сената Кремля, Совета Федерации, Государственной Думы, а также государственную комиссию по использованию административных зданий в Москве.
В 1996—1998 гг. был членом Совета директоров ОРТ.
19 сентября 1997 года вошёл в состав Межведомственной комиссии Совета безопасности РФ по экономической безопасности.
27 июня 1998 года был введён в состав Наблюдательного совета ЗАО «Алмазы России — Саха» (АЛРОСА).
Указом президента от 24 декабря 1998 года введён в состав Межведомственной комиссии Совета безопасности РФ по экономической безопасности.
В 1999 г. выдвигался на пост мэра Москвы.
10 января 2000 года был освобождён от должности управделами президента «в связи с переходом на другую работу».
26 января 2000 года назначен государственным секретарём Союзного Государства Беларусь - Россия.
С апреля 2006 года входит в редакционный совет созданного по его инициативе общественно-политического журнала «Союзное государство».
В 2007 году вышла монография Бородина: