Родился в Шотландии, некоторое время жил в Австралии. Учился в Эдинбурге, Лондоне и Париже. В Лондоне слушал лекции Гексли. В конце 1880-х прославился как один из пионеров сексологии (благодаря книге «Эволюция пола») и организатор музея в Башне обозрения (Эдинбург). В 1892 основал социологическую лабораторию. Переписывался со многими известными мыслителями, включая Кропоткина. Многие социологические работы Геддеса до сих пор актуальны, в частности, они оказали большое влияние на философию Л. Мамфорда.
Через социологию Геддес приходит к градостроительству, видя тесную связь между общественными процессами и характером урбанизации. Он вводит понятие конурбации, подходит к проблемам районной планировки, ландшафтной архитектуры и глобального города. В 1911 Геддес создал выставку «Градостроительство», а с 1919 работал в Индии, участвовал в создании генеральных планов Иерусалима, Тель-Авива и Бомбея. Незадолго до смерти учёный был возведён в рыцарское достоинство.
Геддес активно выступал в защиту окружающей среды и считается одним из предшественников движения зелёных.