Паисий родился во второй половине IV века в Египте. Рано потеряв родителей, он был посвящён в церковные клирики, а в позднее принял монашеский постриг в одном из египетских скитов. Духовным наставником Паисия был святой Памва. После смерти своего учителя Паисий удалился вглубь пустыни, где в пещере стал вести жизнь аскета и собрал вокруг себя много последователей. Согласно житию, однажды во время молитвы он был поднят на небо и увидел «прекрасные райские селения, преисполненные неизреченного света и веселия, увидел также и церковь первенствующих и вечно торжествующих, сподобившись здесь причаститься невещественной пищи Божественных Тайн».
Скончался Паисий в V веке в глубокой старости, был погребён в основанном им монастыре. Первое житие Паисия было написано Иоанном Коловым и содержит кроме описания жизни подвижника первое упоминание истории семи отроков Эфесских. Вскоре после смерти мощи Паисия были перенесены Исидором Пелусиотским в Писидию (Малая Азия) вместе с мощами Павла Фивейского.