Вацуки родился в столичном округе Токио, но вырос в городе Нагаока, находящемся в префектуре Ниигата на острове Хонсю. Подражая старшему брату, в школьные годы начал рисовать мангу, и продолжил это занятие после того, как брат оставил рисование. В школе Вацуки занимался кендо, но успехи его были более чем скромными: он ни разу не выиграл ни одного боя и чувствовал себя неловко из-за того, что его умения не соответствовали внушительному росту в 183 см. Со временем Вацуки бросил кендо, но использовал отношение к нему в качестве основы для характеров своих персонажей, в частности, одного из главных героев «Rurouni Kenshin» Мёдзина Яхико.
На творчество Вацуки оказывали влияние работы ранних мангак, таких как Осаму Тэдзука и Фудзико Фудзио (псевдоним двух совместно работавших мангак, Хироси Фудзимото и Мотоо Абико). В 1987 году, ещё учась в старших классах, Вацуки дебютировал в качестве манга-художника со своей работой «Teacher Pon», которая заняла 33-е место в конкурсе на премию Тэдзуки. После окончания школы Вацуки перебрался в Токио и некоторое время был ассистентом у мангаки Такэси Обаты («Хикару и Го», «Тетрадь смерти»), помогая тому в работе над мангой «Arabian Majin Bokentan Lamp Lamp». Приблизительно в это же время он создал своё первое профессиональное творение — мангу «Crescent Moon in the Warring States». В ней рассказывалась история могущественного самурая, владеющего стилем фехтования под названием Хитэн Мицуруги Рю и, как мастер этого стиля, носящего титул Хико Сэйдзюро. Хико странствует по Японии периода Сэнгоку и встречает крестьянского мальчика по имени Иссинта, который впоследствии присоединяется к Хико в его странствиях, пытаясь изменить судьбу страны.
В 1992 и 1993 годах манга-журнал «Weekly Shounen Jump Special» напечатал новую работу Вацуки под названием «Rurouni, Meiji Swordsman Romantic Story» — две отдельные короткие истории, представлявшие собой прототип будущей манги о Кэнсине. В первой из них бродячий мечник Кэнсин помогает богатой девушке Райкодзи Тидзуру, во второй (которую Вацуки на самом деле нарисовал раньше первой) Кэнсин спасает додзё семьи Камия от криминального босса, пожелавшего жениться на Мэгуми, старшей дочери семьи. Кэнсину помогают Каору и Яхико, младшие сестра и брат Мэгуми. В 1994 году в «Weekly Shounen Jump Special» начала выходить собственно манга «Rurouni Kenshin», работа над которой заняла у Вацуки 5 лет. В 1996 году по ней создали одноимённый аниме-сериал (в российском и в одном из американских переводов известный как «Самурай Х»).
Кроме «Rurouni Kenshin», заметной работой Вацуки является «Busou Renkin», манга о юноше, который ценой жизни спас девушку от монстра, но выжил, получив новое сердце с необычными свойствами. Существует и ещё несколько мелких проектов авторства Вацуки. Помимо основной работы в качестве манга-художника, он занимался дизайном персонажей в играх Shinsengumi Gunraw Den и Samurai Shodown V.