С ранней молодости занялся медициной и обратил на себя внимание Т. Бартолина. Получив в 1663 году докторскую степень, он предпринимает заграничное путешествие с научной целью и посещает Нидерланды, Германию и Париж. В это время он ещё был всецело поглощен научной работой.
Затем он посещает Австрию, Венгрию, долго живёт в Падуе, где начинает интересоваться религиозными вопросами. Вскоре он получает звание первого врача тосканского великого герцога Фердинанда II и Козимо III поручает ему воспитание своего сына.
В 1669 году он переходит в католичество и через два года после этого получает приглашение занять кафедру анатомии в Копенгагене. Однако пропаганда католических идей вызвала неудовольствие против него в его отечестве, и он был вынужден уехать в Италию, где вступил в монашествующий орден и получил назначение епископом в Грецию. Научные занятия были окончательно им оставлены.
Одной из главных заслуг Стенсена являются обстоятельное выяснение роли мускулов. Он показал, что это не простой материал для заполнения пространства между органами, не осязательные органы, как еще многие думали в конце XVII века, а необходимые органы движения. Он показал, что мускулы укорачиваются сами собой во время сокращения. Также Стенсену принадлежит честь открытия протока околоушной слюнной железы, носящего название стенонов.
В 1667 году Стенсен опубликовал результаты исследования головы крупной акулы, пойманной недалеко от города Ливорно в 1666 году. Он обнаружил высокое сходство зубов акулы и определенных каменистых образований, которые часто обнаруживали в скальных породах и называли «glossopetrae».
Некоторые античные авторы, в частности Плиний Старший в работе «Естественная история», предполагали, что эти камни упали с неба или Луны. Другие считали, что подобные камни формируются естественным путем в горных породах. Фабио Колонна (Fabio Colonna), однако, уже убедительно показал в работе «De glossopetris dissertatio» (1616), что они являются зубами акулы. Стенсен в своей работе обратил внимание на различия в составе glossopetrae и зубов живых акул, и заявил, что химический состав ископаемых зубов мог измениться без изменения их формы.
Работы Стенсона об акульих зубах привели его к вопросу о том, как какой-либо твёрдый предмет может быть обнаружен внутри другого твёрдого предмета, например в скале. В область его интересов входили не только окаменелости, но и минералы, кристаллы, жилы, другие включения. Он опубликовал результаты своих геологических исследований в 1669 году в диссертации «О твёрдом, естественно содержащемся в твёрдом» (лат. «De solido intra solidum naturaliter contento dissertationis prodromus»). Нильс был не первым, кто предположил, что окаменелости являются останками живых организмов, его современники Роберт Гук и Джон Рей имели такое же мнение.
В «Dissertationis prodromus..» 1669 года Нильс описал несколько определяющих принципов стратиграфии:
В 1772 году эти принципы расширил Жан Батист Луи Роме-де-Лиль.
Значительную роль в развитии кристаллографии сыграл ещё один принцип, известный как «закон Стенсона» или «закон постоянства углов», который утверждает, что углы между соответствующими гранями кристаллов одинаковы для всех экземпляров одного минерала при одинаковых условиях (температура и давление).