О судьбе Никона до появления в Киево-печерском монастыре ничего не известно. Никон был одним из первых сподвижников преподобного Антония Печёрского, основателя Киево-Печерского монастыря, к которому пришёл не позднее 1058 года, уже будучи иереем и монахом. Он постригал в обители всех новоприходящих иноков и в их числе Феодосия Печерского. Нестор Летописец даёт ему характеристики «умудренного» и «великого». Первая отражает высокую степень образованности, вторая — особый авторитет среди русских монахов. Никон на данном этапе жизни фактически являлся лидером монахов Киевской Руси.
Высокое положение Никона дало М. Д. Приселкову основания предположить, что под именем Никона принял схиму опальный митрополит Иларион, создавший пещеру, в которой позже поселился Антоний, и, якобы, вернувшийся в неё после смерти Ярослава, где и продолжил своё литературное творчество и борьбу за повышение авторитета русской церкви. В качестве доказательства такой гипотезы выступают общие идеи, изложенные Иларионом в «Слове о законе и благодати» и в «Повести временных лет», часть которой, как полагают, написал Никон. Против такого отождествления также имеется ряд аргументов. Во-первых, политические позиции Илариона и Никона расходятся в оценке роли княжеской власти. Во-вторых, в летописи об Иларионе сказано: «мужь благ, книжен и постник», чего не сказал бы Никон о самом себе, если бы он был Иларионом. Правда, эти слова принадлежат анонимному летописцу конца XI века, так называемому ученику Феодосия. Кроме того, Иларион был современником князя Владимира и священником в его княжеском селе, а, значит, не смог бы дожить до 1088 года. Некоторые общие идеи и высокий уровень образования, которые сближают Илариона и Никона, являются следствием складывания в Киеве в 1030-х — 1050 -х годах мощного просветительского центра.
Пострижение в начале 1060-х гг. в монахи великокняжеского придворного Ефрема и боярского сына Варлаама навлекало на обитель Антония и особенно на Никона сильное негодование великого князя киевского Изяслава.
В итоге конфликт завершился разгромом монашеской обители воинами княжеского боярина Иоанна, отца Варлаама.
После конфликта в 1061 году Никон и другой чернец из монастыря святого Мины, в прошлом боярин, ушли из Киево-печерского монастыря, желая поселиться отдельно от других. Они отправились вниз по Днепру на берег Чёрного моря и там разлучились: боярин отправился на остров по пути к Константинополю, а Никон —на «остров Тмутороканский» и там нашёл «место свободное вблизи города», где и обосновался. Никон основал церковь святой Богородицы и монастырь, почитая за образец себе Печерский монастырь.
В борьбе за Тмутаракань между князем Глебом, сыном Святослава Ярославича, и Ростиславом, сыном Владимира Ярославича, Никон поддержал Ростислава, а также сблизился с воеводой Вышатой, сыном Остромира. Однако в феврале 1067 года Ростислав был отравлен византийским наместником из Херсонеса.
В 1067 г. Никон отправился к Святослву с поручением жителей Тмутаракани добиться поставления в город нового князя вместо умершего Ростислава. По пути он посетил Киево-Печерский монастырь, где игуменом к тому времени был Феодосий, упросивший Никона вернуться. Он доехал с князем Глебом до Тмутаракани, уладил монастырские дела и в 1068 г.вернулся к Феодосию.
В период междоусобицы, когда Изяслав был изгнан из Киева (1073—1077 гг.) Святославом и Всеволодом, Никон был вынужден снова на несколько лет уехать в Тмутаракань. Вплоть до смерти Никон был тесно связан с Тмутараканью, сведения о событиях в ней содержаться в летописи до начала 1094 г.
Судя по данным «Повести временных лет» Никон был хорошо знаком не только с Тмутараканью и днепровским путём, но, возможно, за время своих путешествий бывал и в Херсонесе, топография которого описана им в рассказе о крещении Владимира. В летописи он также свидетельствует об остатках древних славянских городищ в районе устьев Днестра (города тиверцев и уличей) и Дуная (городок Киевец).
После возвращения в 1068 году Никон «со всей радостью» подчинялся Феодосию, а игумен очень любил его, «почитая словно отца», часто поручал братьев Никону, «ибо был он среди них самый старший». Когда Феодосий «поучал братию в церкви духовными словами», то просил Никона «прочесть что-либо из книг в наставление братии».
В период 1068—1078 гг. в Киево-Печерском монастыре определилось несколько групп, различавшихся в зависимоти от характера монашеской практики и политических симпатий.
Первое — мистико-аскетическое направление — возглавлял Антоний, который после первого бегства Изяслава и прихода к власти князя-волхва Всеслава Полоцкого поддержал последнего. По возвращении Изяслава из Польши в 1069 году князь «начал гневаться на Антония из-за Всеслава», поэтому Антоний вынужден был бежать в Чернигов под покровительство Святослава.
Второе направление возглавлял Феодосий. Он выступал за общежитийную практику монашеской жизни и за строгое соблюдение канонов. Ему были чужды всякого рода проявления язычества в мирской жизни. Феодосий выступал за союз церкви и великого князя: князь одаривал монастырь землями, смердами и другими богатыми дарами, а монахи во всём поддерживали князя. В 1073 году Святослав и Всеволод пошли войной на Изяслава и вновь изгнали его. Феодосий, несмотря на тесную связь с Изяславом через некоторое время под давлением вельмож и братии пошёл на союз с Святославом: «оставил князя в покое и с тех пор уже более не укорял его».
Во всех этих событиях Никон не упоминается. Возможно он, как и Антоний, поддержал Всеслава и сопровождал его в легендарной поездке в Тмутаракань. Существует даже гипотеза, отождествляющая Никона и Бояна, чьё описание Всеслава вошло в «Слово о полку Игореве», однако кроме интереса к причерноморскому фольклору и возможного одновременного проживания в Тмутаракани ничего общего у них нет. Боян был близок к семье Святослава, но увлечение князя «гусельными гласами» резко осуждалось Феодосием и его окружением.
Никон не относился ни к «антиниевской» ни к «феодосьевской» группировкам: он был самостоятельным лидером, «книжником», который на несколько десятилетий опередил развитие монастыря. Он был равно удален и равно приближен к противоборствующим друг другу князьям. В летописи даётся одинаково положительная посмертная характеристика и Ростислава, и Глеба, с которыми Никон был знаком. Подобные посмертные характеристики Изяслава и его сына Ярополка говорят о том, что Никон был сторонником этой ветви княжеского рода.
В 1074 году, когда Феодосий был присмерти, в монастыре разгорелся конфликт между группами монахов за назначение следующего игумена. Никон среди претендентов не упоминается. Вернулся Никон в монастырь лишь после смерти Феодосия и возвращения Изяслава (1077 г.).
Никон был избран игуменом Печерского монастыря в 1078 году и пробыл им до смерти в 1088 году. Он старался продолжить все начинания Феодосия и описывается как строгий, но отходчивый, начальник братии. Этот период отмечается продолжением распрей среди монахов, которые начались ещё при Феодосии и Стефане. В летописи говорится о побоях, которые Никон учинял некоторым монахам. Те в свою очередь не подчинялись установлениям и иногда видели на месте Никона осла.
Под надзором Никона в 1083 году великая Печерская церковь была украшена византийскими мастерами иконами и мозаикой и начал свою работу первый известный русский иконописец Алипий Печерский. В связи с этим эпизодом упоминается изображение Феодосия и Антония, которое Никон демонстрирует пришедшим мастерам. Однако, церковь не была освящена вплоть до смерти Никона, что, видимо, вызвано напряженными отношениями митрополии и монастыря. М. Д. Приселков считает, что Никон готовил канонизацию Феодосия, в связи с чем Нестор Летописец работал над его житием, а главная церковь монастыря — украшалась.
Также Киево-Печерский патерик делает акцент на роли Никона как свидетеля при заключении имущественных сделок и духовных братств под покровительством Богородицы.
Умер Никон в 1088 году (хотя высказываются предположения о более позднем сроке — 1094 г.). Погребен в Киево-Печерском монастыре.
Гипотеза о том, что Никон вёл летопись, которая в последующем была продолжена и вошла в состав «Повести временных лет» Нестора Летописца, поддерживалась А. А. Шахматовым, М. Д. Приселковым и Д. С. Лихачевым. Она основывается на совпадении периодов жизни Никона со сведениями летописи о событиях в Киеве и Тмутаракани. Считается, что Никон создал так называемый летописный свод 1070-х гг. Называется также дата составления свода — 1073 год. Авторству Никона приписывается большое число статей летописи, но однозначных доказательств его авторства не существует.
М. Алешковский игнорирует Никона как летописца. По хронологии Шахматова нет редакций Древнейшего свода, попадающих на одиннадцать лет игуменства Никона, а рассказы или записки Никона могли попасть в летопись может быть уже после его смерти. И в этом не было личной заслуги Никона ни как летописца, ни как игумена.
Сторонники гипотезы о летописании Никона считают его зачинателем на Руси летописного жанра как такового: он, якобы, впервые ввёл погодное изложение и указания точных дат. М. Н. Крагер назвал Никона первым археологом Киева основываясь на характере его заметок, касающихся событий прошлых веков. Никон в своих путешествиях, якобы, наблюдал за расположением тех или иных исторических объектов и собирал фольклорные материалы, затем включая в летопись. На основе этих заметок Крагер и другие археологи восстановили очертания Киева X—XI вв. Более того, по мнению исследователей, Никон впервые обратился к актовому материалу, включив в летопись тексты договоров Руси и Византии X века и пересмотрев всю хронологию ранней русской истории. Последний тезис, однако, не имеет доказательств, так как в Новгородской первой летописи тексты договоров отсутствуют, но читаются комментарии Никона.
В период 1050-х — 1080-х гг. помимо печёрской летописи, которую предположительно вёл Никон, существовали летописи в Новгороде (следы свода 1050-х гг. в Новгородской первой летописи), древняя летопись, используемая Иаковом Мнихом в «Памяти и похвале князю Владимиру», а также летопись, используемая византийским хронистом рубежа XI—XII вв. Иоанном Скилицей. Отличие труда Никона по словам Д. С. Лихачева в том, что он «как историк стоит выше» своих предшественников и современников. Он комментирует записи предшественников, проверяет истинность тех или иных утверждений через другие источники, связывает информацию из разных частей летописи, излагает несколько версий, доказывая одну из них. Это типичные для античной исторической мысли приёмы. Между тем, по мнению Лихачева, благодаря работе Никона «рождается новый жанр, которого не знала византийская литература, — летописание». Окончательно жанр русского летописания сформируется в период 1090-х — 1110-х гг.
Никон переписывал и редактировал более ранние летописи, которые велись в Киеве — свод конца X века и свод 1030-х гг. — затем дполнял их сведениями периода 1061—1088 гг. При этом текст Никона до нас не дошёл, некоторые сведения до 1088 года были втавлены позже другими летописцами: учеником Феодосия (1090-е гг.), Нестором Летописцем (ок. 1113 г.) и Сильвестром. Некоторые сведения о своде Никона можно извлечь, сличая текст Сильвестра с текстом Новгородской первой летописи, в которой отразился новгородский свод 1040-х — 1050-х гг., составленный на основе первых летописей, а также сравнивая «Повесть временных лет» и сведения Иакова Мниха
Маркером, позволяющим выделить сведения Никона является фраза «до сего дня» и упоминание имён киевлян, живших в 1060-е гг. Наиболее вероятно принадлежащими Никону являются сведения следующих статей «Повести временных лет».:
В недатированной части:
В датированных статьях:
(Здесь автор строк, возможно, не осведомлен о том, что в 1044 году кости Олега были крещены и перенесены в Десятинную церковь, как и в случае с мощами Ольги, либо речь идёт о сохранении княжеского кургана).
Статьи, написанные Никоном, основанные на сведениях из Тмутаракани и рассказах Вышаты о событиях в Новгороде :
Статьи об усобицах, написанные Никоном как очевидцем:
Статьи о церковных делах, написанные Никоном как очевидцем:
Посмертные характеристики князей, о которых писал Никон, данные в одном стиле:
Статья, в которой дано подробное топографическое описание и названы «современнки» Никона:
Последняя статья в период жизни Никона, в которой встречается маркер «до сего дня»: