Родился в Яранске Вятской губернии в семье мелкого служащего. В 1911 его назначают заведующим Вятским сельскохозяйственным опытным полем, а затем — руководителем Вятской сельскохозяйственной опытной станции, где он организует отдел селекции и начинает свою многолетнюю селекционную работу по выведению новых сортов зерновых, зернобобовых и кормовых культур. В советские годы им были выведены новые сорта ржи: «Вятка», «Вятка-2» и «Белозерная Р-13», ячменя «Винер», «Вятский», овса «Мираж», «Жемчужина», «Магистраль», пшеницы «Лютесценс-116», а также начата работа по выведению новых сортов плодово-ягодных культур. Основатель и первый директор НИИСХ Северо-Востока.
Умер Рудницкий 14 октября 1953 в Кирове. По завещанию он похоронен около здания НИИСХ Северо-Востока, на территории дендрария, в северо-западной его части, установлен памятник из лабрадорита.
В честь Николая Васильевича Рудницкого названы: