Православный. Из дворян Харьковской губернии (присягу на российское подданство принял в 1890).
В 1863 году окончил 2-й московский кадетский корпус.
В 1864 году с отличием окончил 3-е военное Александровское училище, а впоследствии — Николаевскую инженерную академию (1869, по 1-му разряду).
Причисленный к Инженерному корпусу, с разрешения военного министра служил на частных железных дорогах. С 1878 года — управляющий Курско—Киевской железной дорогой, с 1892 директор Московско-Курской железной дороги (с оставлением по инженерным войскам), с 1894 начальник Московско-Нижегородской и Муромской, с 1899 - Николаевской железных дорог. Одновременно штатный инженер 5-го (с 1893) и 4-го (с 1901) класса при Министерстве путей сообщения, сверхштатный член Инженерного комитета Главного инженерного управления Военного министерства (с 1900), член Комиссии для рассмотрения вопроса о соединении финляндских железных дорог с сетью железных дорог империи (1903), попечитель Петербургского технического железнодорожного училища (с 1903).
С 1905 начальник Управления железных дорог Министерства путей сообщения и член от министерства в Совете по тарифным делам при Министерстве финансов. С 25 апреля 1906 по 29 января 1909 министр путей сообщения. По характеристике В.И. Гурко, как министр Шауфус был личностью бесцветной и его участие в Совете министров ничем не проявлялось.
С 1908 года — член Государственного совета по назначению. Отличался высокой компетентностью в вопросах строительства и эксплуатации железных дорог, но мало проявил себя как государственный деятель.
Ушел в отставку с поста министра путей сообщения из-за болезни и разногласий с председателем Совета министров П.А. Столыпиным. С марта 1909 член 2-го департамента и постоянной финансовой комиссии Государственного совета.
Скончался в 1911 году. Похоронен на кладбище Новодевичьего монастыря в Санкт-Петербурге.
Был женат на Людмиле Ивановне Тихомировой, дочери действительного статского советника. Имел сына Константина (р. 1880 - ?).