Происходил из дворянского рода Бошняк. Родился 3 (15) сентября 1830 года в Костромской губернии. В 1842 году стал кадетом Морского корпуса, в 1847 году проходил практику гардемарином на Балтийском море, в 1849 году был произведен в мичманы, с оставлением в офицерском классе. Свои исследования начал в 18 лет. Стойко справлялся со всеми тяготами экспедиционной жизни.
В 1851 году был переведен из Санкт-Петербурга в Амурскую экспедицию, где сразу же был назначен начальником Николаевского поста, а в феврале-марте 1852 года, Геннадий Иванович Невельской послал своего подчиненного исследовать Сахалин. Бошняк прошел на собаках и пешком западное побережье острова от пролива Невельского до реки Дуэ, где открыл месторождение каменного угля; перейдя на восточное побережье Сахалина, он открыл реку Тымь и проследил ее течение. Проехавшись до Тыми, до восточного берега и обратно, он добрался до западного берега.
В апреле-июне 1852 года Бошняк обследовал низовья Амура, в конце 1852 года — бассейн реки Амгунь до её верховий и открыл Буреинский хребет, а на обратном пути — озера Чукчагирское и Эворон. В марте 1853 года, пройдя на шлюпке весь западный берег Татарского пролива, открыл гавань Хаджи (теперь Советская Гавань)и поднял там русский флаг. В июне он вернулся на шлюпке в Николаевск. Зиму 1853 года провел в тяжелых условиях в бухте Хаджи. В 1853 году основал посёлок Де-Кастри на берегу залива Чихачёва (ныне Ульчский район Хабаровского края).
Переведен на Балтийский флот в 1856 году.
С 1858 года по 1860 год служит на фрегате «Илья Муромец» на Балтийском и Средиземном морях.
В 1865 году в чине капитана 2 ранга был уволен со службы по состоянию здоровья.
Умер 15 (27) декабря 1899 год в городе Монца (Италия), куда уехал для лечения.
Николай Константинович Бошняк был награжден орденом св. Владимира 4-й степени, а в 1854 году, за опись Татарского пролива, открытие Императорской гавани и зимовку в ней, получил орден святой Анны 3-й степени.
По представлению генерал-губернатора Восточной Сибири графа Н. Н. Муравьёва-Амурского, в награду за особые труды и самоотвержение, получил пожизненную пенсию по 350 рублей в год.