Николай Шаклеин родился 20 декабря 1943 года в деревне Коршуниха Просницкого района Кировской области (ныне на территории Кирово-Чепецкого района). С 16 лет (1959 год) работал токарем и слесарем на Кировском заводе имени 1 Мая. В 1973 году Шаклеин заканчивает заочное отделение юридического факультета Пермского государственного университета.
В 1969 году работает юрисконсультом кировского завода Маяк. С 1971 работает в кировской прокуратуре в должности помощника прокурора Кирова, с 1978 — прокурор Октябрьского района Кирова. С августа 1981 года работал инструктором Кировского обкома КПСС, затем — заместителем прокурора Кировской области.
В мае 1986 года назначен прокурором Кировской области. В сентябре 1987 года переведён в Москву на должность инструктора административных органов ЦК КПСС. В 1991—1993 годах работает заместителем Генерального прокурора РФ при Степанкове Валентине Георгиевиче. После работает заместителем главы администрации Кировской области.
23 марта 1997 года доизбран в Государственную Думу 2 созыва от одномандатного избирательного округа № 92. Работает в Комитете по законодательству и судебно-правовой реформе. Вошёл в депутатскую группу Регионы России. 19 декабря 1999 года избран в Государственную Думу 3 созыва от того же участка. Работает заместителем председателя Комитета по государственному строительству.
В 2004 — 2009 гг. — губернатор Кировской области.
С апреля 2009 г. — член Совета Федерации от исполнительного органа государственной власти Кировской области.
Оппозиционные СМИ Кировской области критиковали Н. Шаклеина во время его губернаторства, за, как они считали, отстаивание интересов крупного областного бизнеса в ущерб интересам населения области, а также мелкого и среднего бизнеса. В первую очередь среди "клиентов" Н. Шаклеина назывались предприятия группы "Система Глобус", принадлежащей бизнесмену Олегу Березину, и холдинг "Дороничи", который связывают с именем другого влиятельного бизнесмена Валерия Крепостнова.
При этом, обвинениям в коррупции и использовании административного ресурса придавал веса тот факт, что упомянутый влиятельный бизнесмен Валерий Крепостнов указом Н. Шаклеина был в 2007 году введен в состав Правительства Кировской области и занимал пост вице-губернатора, ответственного за вопросы экономики. Журнал "Эксперт" называл В. Крепостнова ближайшим соратником и "альтер-эго" Н. Шаклеина. А Центр политической конъюнктуры России считал В. Крепостнова наиболее вероятным "преемником". Н. Шаклеина. После отставки Н. Шаклеина с поста губернатора, свое место в правительстве Кировской области оставил и В. Крепостнов..
Выходящая в Кирове газета "Вятский наблюдатель" использовала термин "Группировка ШБК" для обозначения неформального центра политического влияния, который, по мнению газеты, образовывали Н. Шаклеин, О. Березин и В.Крепостнов.