Родился в Одессе в 1799 г. Отец его был родом с греческого острова Лефкас и нашел убежище в Одессе. Флогаитис был посвящен в тайное общество Филики Этерия готовившее всегреческое восстание. Когда в 1821 г. восстание разразилось, Флогаитис оставил свою службу и отправился волонтером на Пелопоннес. В 1824 г получил чин майора. В 1826 г. ему была поручена организация корпуса волонтеров из Ионических островов, откуда и был родом его отец. Во главе корпуса Флогаитис проявил мужество при осаде Афинского Акрополя.
С окончанием войны и при правлении Каподистрии, Флогаитис был назначен председателем Верховного суда где он прослужил до 1844 г после чего он продолжил юридическую работу в Нафплионе до 1862 г.
После Нафплиона Флогаитис поселился в городе Халкис, где и умер в 1867 г.