Сын Романа Юрьевича Захарьина-Кошкина, дед русского царя Михаила Фёдоровича, родитель Патриарха Филарета, брат царицы Анастасии Романовны.
Родился около 1522 года.
Участвовал в шведском походе 1551 года; был воеводой во время литовского похода (1559, 1564—1567). В 1558/1559 году Никита Романович получил чин окольничего, а в 1562/1563 году — боярина. Кроме того, после смерти старшего брата Данилы Романовича был сделан в 1564/1565 году дворецким. В 1584—1585 году участвовал в управлении государством.
Жил Никита Романович в своих палатах на улице Варварке в Москве (сейчас в них открыт Музей боярского быта XVI-XVII веков).
Умер Никита Романович 23 апреля 1585 или 1586 года, приняв монашество с именем Нифонта; погребён в фамильном склепе в подклете Преображенского собора Новосспаского монастыря.
Первая супруга Никиты Романовича — Варвара Ивановна Ховрина (ум. 1552) — происходила из рода Ховриных-Головиных. Вторая жена — княжна Евдокия Александровна Горбатая-Шуйская (ум. 4 апреля 1581) — принадлежала к потомкам суздальско-нижегородских Рюриковичей.
От первой жены:
От второй жены: