Родился 24 декабря 1950 года в Казахстане, в колхозе 3-я Пятилетка Ильичевского района Южно-Казахстанской области. По национальности карачаевец.
В 1957 году пошёл в школу, закончил 10 классов.
В феврале 1970 года поступил на работу учеником столяра на Ставропольский завод ЖБИ.
С мая 1970 года по май 1972 года проходил службу в рядах Советской Армии.
В июне 1973 года поступил на работу в совхоз Эльтаркач.
Окончил экономический факультет (в 1978 году) и аспирантуру МГУ им. М. В. Ломоносова. Почётный доктор, профессор Московского открытого социального университета и Карачаево-Черкесского государственного технологического института.
В настоящее время работает руководителем Отделения Пенсионного фонда Российской Федерации по Карачаево-Черкесской Республике.
Работал главным экономистом колхоза «Родина» Прикубанского района, затем в экономическом отделе обкома КПСС Карачаево-Черкесской автономной области, к 1991 году был заведующим отделом. С 1992 года занимал должности председателя Комитета по управлению имуществом, затем — заместителя председателя Правительства Карачаево-Черкесской Республики, курировал экономический блок.
С 1997 года — председатель Национального банка Карачаево-Черкесской Республики (республиканское отделение Центрального банка Российской Федерации). В период президентских выборов в России в 2000 году возглавлял избирательный штаб В. Путина в Карачаево-Черкесии.
В 2003 году был зарегистрирован кандидатом на пост Президента Карачаево-Черкесской Республики. В первом туре выборов 17 августа 2003 года занял первое место, набрав 41,67 % голосов избирателей и опередив действующего президента В. Семенова (39,92 % голосов). Во втором туре выборов 31 августа 2003 года был избран на пост президента республики, набрав 47,97 % голосов и вновь опередив В. Семенова, получившего 46,41 % голосов (разрыв составил 3387 голосов).
В 2008 году в связи с истечением полномочий Батдыева новым президентом Карачаево-Черкессии стал Борис Эбзеев.
Женат, двое детей: дочь и сын, а также двое внуков.