Воспитанник дагестанского футбола, первый тренер Рафаэль Сафаров. Учился вместе с Михаилом Куприяновым и Нарвиком Сирхаевым. Ещё будучи учеником школы, выступал за махачкалинское «Динамо».
В 1992 году приглашён в «Жемчужину» (Сочи), где провёл три сезона, попутно сыграв на молодёжном Чемпионате Мира в составе сборной России.
В 1994 году, после того как перестал проходить в основу "Жемчужины", перешёл в израильский «Маккаби» (Петах-Тиква), где играет и по сей день.
Провёл 450 матчей в израильской высшей лиге, уже 12 лет является капитаном команды, неоднократно признавался лучшим либеро сезона.
В 2003 году получил израильский паспорт и по приглашению датского специалиста Рихарда Мёллер-Нильсена, работавшего со сборной Израиля, был включён в состав сборной, но ФИФА не «простила» Магомедову участие на молодёжном ЧМ-93 за Россию, и не разрешила ему играть за Израиль.
Израильская пресса не раз признавала его одним из лучших защитников израильского футбола за всю историю.
В 2011 году завершил выступления в большом футболе и с сезона 2011/12 присоединился к тренерскому составу клуба "Маккаби" (Петах-Тиква). Номер 4, под которым играл футболист, выходит из употребления в команде "Маккаби" в знак уважения заслуг Магомедова перед клубом. Имеет тренерскую категорию PRO .
По национальности — кумык. Жена Зарема, дети — сын Илия и дочь Далида.