Мухаммед Саид Херси прошёл военную подготовку в Италии и США. В качестве полковника он был командующим в районе Могадишо, где размещались элитные вооружённые силы страны. Затем стал командующим вооружённых формирований «Красные Береты».
В 1988 году СНД взяли Буръо и часть Харгейсы. Саид Херси возглавил военную операцию против повстанцев на севере страны. Правительственные войска провели жестокие рейды по северным территориям. В ходе тотальной бомбардировки Харгейсы город был разрушен на 70 %. За эти события Мухаммед Саид Херси был прозван «Мясником Харгейсы».
После свержения Сиада Барре в январе 1991 года, Саид Херси вместе с тестем перебрался на подконтрольный ему юг страны.
Во время операции "Возрождение Надежды" силы генерал Моргана несколько раз атаковали продовольственные склады Международного Красного креста в Бардере, мешая тем самым деятельности миротворческой миссии по оказанию помощи голодающим сомалийцам.