Родился в 1959 году в Чикаго (штат Иллинойс); был крещён в Епископальной Церкви. Его семья имела немецкие корни.
Впоследствии семья переехала в Калифорнию, в город Ла-Хойа близ Сан-Диего.
Учился в Калифорнийском университете в Сан-Диего, затем в Калифорнийском университете в Санта-Круз.
В 1976 году Епископальная Церковь США, к которой принадлежал Джеймс, приняла решение рукополагать женщин во священники, что подтолкнуло его к уходу из неё.
В 1978 году принял православие в храме Казанской иконы Божией Матери Московского Патриархата в Сан-Диего.
По окончании университета, учился в Свято-Владимирской семинарии в Крествуде, штат Нью-Йорк. В 1985 году — кандидат богословия (Master of Divinity); в 1988 году — магистр богословия (Master of Theology) в области догматики. Впоследствии учился в докторантуре в городе Беркли (Калифорния), однако прервал обучение, чтобы посвятить себя монашеской жизни.
В конце 1980-х находился в СССР, в Москве, где сотрудничал с Издательским отделом Московского Патриархата и знакомился с жизнью Русской Церкви, особенно монастырской. Его духовным отцом стал наместник Валаамского монастыря архимандрит (с 2 июня 2005 года епископ Троицкий) Панкратий (Жердев), близкий к Патриарху Алексию II.
В 1993 году он взял отпуск на год и отправился в Россию, где прожил несколько месяцев на Валааме. Архимандрит Кирилл (Павлов) благословил Джеймса на принятие монашества и священного сана.
В 1994 года был рукоположен во диакона; затем во пресвитера.
В 1995 году пострижен в монашество с именем Иона в Тихоновском монастыре в городе Саут-Кейнан, штат Пенсильвания.
По возвращении в Калифорнию служил в нескольких миссиях, а позднее получил послушание основать монастырь в честь святителя Иоанна Шанхайского. Обитель, первоначально находившаяся в Пойнт-Рейес-Стейшн, штат Калифорния, была недавно перемещена на север штата, в Мэнтон близ Реддинга.
Весной 2008 года, решением Священного Синода Православной Церкви в Америке, возведён в сан архимандрита и благословлён оставить обитель и отправиться в Далласскую епархию в качестве её викарного архиерея и секретаря.
4 сентября 2008 года был избран епископом на внеочередном заседании Священного Архиерейского Синода ПЦА. 1 ноября 2008 года в Свято-Серафимовском соборе в Далласе (штат Техас) был хиротонисан во епископа Форт-Уортского, викария Южной епархии Православной Церкви в Америке. Хиротонию совершили Местоблюститель Митрополичьего престола архиепископ Далласа и Юга США Димитрий (Ройстер), епископ Филадельфийский и Восточно-Пенсильванский Тихон (Моллард), епископ Сан-Франциско и Запада США Вениамин (Питерсон) и епископ Мехико Алехо (Пачеко-и-Вера), глава Мексиканского экзархата ПЦА.
Осенью 2008 года предстоятель ПЦА митрополит Герман (Свайко) был вынужден уйти на покой, а несколько руководителей общины были сняты с должностей из-за скандала, когда люди в высшем руководстве Церкви были обвинены в использовании нескольких миллионов долларов из церковной казны на личные нужды.
11 ноября 2008 года на XV Всеамериканском Соборе в Питтсбурге, штат Пенсильвания, Иона, мало кому известный молодой епископ, выступил с пламенной речью, призывая к реформам и борьбе с коррупцией. По словам Марка Стоко: «Он произвёл очень большое впечатление. Он был свежим лицом, не имевшим отношения к скандалу».
12 ноября был избран Архиепископом Вашингтонским и Нью-Йоркским, Митрополитом всей Америки и Канады; был торжественно возведён на первосвятительскую кафедру Священным Архиерейским Синодом ПЦА 28 декабря 2008 года в Свято-Николаевском соборе в Вашингтоне.
После своего избрания заявил, что настало время перемен, и православным американцам пора «выйти на площадь» и заявить о своей позиции по ряду социальных проблем. По мнению митрополита Ионы, сегодня американская православная община стоит перед выбором — оставаться запертой в этнических анклавах и не играть никакой роли в обществе, или открыто высказывать свою позицию и пытаться что-то изменить.
В ноябре 2009 года стал одним из христианских лидеров США, подписавших Манхэттенскую декларацию.
22-24 февраля 2011 года в Санта-Фе (штат Нью-Мексико) члены Священного Синода Православной Церкви в Америке приняли решение о предоставлении своему Предстоятелю Блаженнейшему Митрополиту Ионе 60 дней «для личных размышлений и духовного обновления». Его обязанности по руководству администрацией Церкви временно исполнял архиепископ Детройтский Нафанаил (Попп).
Вслед за этим стали распространяться слухи о том, что Предстоятель Православной Церкви в Америке был отстранён от своей должности. Эти слухи были опровергнуты самим митрополитом Ионой.
Священный Синод Православной Церкви в Америке, прошедший 2 и 3 мая 2011 года в храме Христа Спасителя в Иллинойсе, подтвердил митрополита Ионы (Паффхаузена). На заседании Синода было объявлено об отставке руководителя Синодальной канцелярии протоиерея Александра Гарклавса, выступившего в феврале с критикой действий митрополита Ионы и поддержанного некоторыми иерархами.
14 октября 2011 года согласно своей решимости, высказанной перед делегатами XVI Всеамериканского Собора, в сопровождении двух членов Синода прибыл в медицинский институт Св. Луки (в штате Мэриленд, в окрестностях столицы США Вашингтона), работающий в сети католических клиник, для психиатрического обследования.