Родился 7 февраля 1938 года в селе Новоселовка Беленихинского района Белгородской области в крестьянской семье.
По окончании школы работал в строительстве и на железнодорожном транспорте.
С 1958 года учился в Киевской духовной семинарии, затем после её закрытия — в Одесской, которую закончил в 1962 году, в том же году поступил в Московскую духовную академию.
С 1963 года — послушник Троице-Сергиевой Лавры. Первоначально нёс послушание у наместника, архимандрита Пимена (Хмелевского), а затем у его преемника, архимандрита Платона (Лобанкова).
16 ноября 1964 года пострижен в монашество с именем Иоанникий.
24 ноября 1964 года рукоположён во иеродиакона.
В 1966 года окончил Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия.
С 1966 года исполнял послушания иподиакона и ризничего при Патриархахе Алексии I и Пимене.
7 апреля 1969 года рукоположён во иеромонаха.
18 июля 1971 года возведён в сан игумена.
25 августа 1971 года назначен преподавателем Одесской духовной семинарии, определен в число братии Одесского Успенского монастыря.
В 1983 года возведен в сан архимандрита.
С 15 декабря 1986 года настоятель Покровского собора города Измаила и благочинный Измаильского округа.
13 декабря 1988 года в Успенском кафедральном соборе Одессы хиротонисан во епископа Славянского, викария Одесской епархии.
19 февраля 1990 года назначен епископом Донецким и Луганским.
7 сентября 1991 года назначен епископом новообразованной Луганской и Старобельской епархии.
7 апреля 1993 года возведен в сан архиепископа с правом ношения креста на клобуке.
19 июня 2002 года возведен в сан митрополита.
С 31 мая 2007 года назначен постоянным членом Священного Синода Украинской Православной Церкви.