Решением Священного Синода от 24 декабря 2010 года (журнал № 119) освобожден от управления Литовской епархией и почислен на покой по состоянию здоровья.
Родился в крестьянской семье. Окончил неполную среднюю школу, работал в колхозе. В 1951—1961 годах работал реставратором памятников архитектуры.
Окончил Московскую духовную семинарию (1965 год), Московскую духовную академию (1969 год, по заочному сектору).
С 12 сентября 1964 года — диакон. 31 октября 1966 года пострижен в монашество, с 4 ноября 1966 года — иеромонах. Был рукоположен митрополитом Никодимом (Ротовым), келейником которого ранее был. Считает себя учеником владыки Никодима. С 1 марта 1968 года служил в храме во имя преподобного Пимена Великого в Москве. С 1 декабря 1969 года служил в храме в честь Всех Святых в Москве. 15 июля 1971 года был назначен заведующим канцелярией Отдела внешних церковных сношений (ОВЦС) Московского Патриархата. С 2 августа 1971 года — архимандрит.
С 23 апреля 1972 года — епископ Зарайский, викарий Московской епархии (хиротонию возглавил митрополит Никодим). В 1972—1981 годах — заместитель председателя ОВЦС. С 3 сентября 1974 года — епископ Курский и Белгородский. С 2 сентября 1977 года — архиепископ. С 26 декабря 1984 года — архиепископ Иркутский и Читинский, в 1984—1988 годах также временно управлял Хабаровской епархией. С 26 января 1990 года — архиепископ Виленский и Литовский. С 25 февраля 2000 года — митрополит.
В 1970-1980-е годы постоянно конфликтовал с уполномоченными Совета по делам религий, считался «неблагонадёжным». Рукополагал священников из числа выпускников светских высших учебных заведений, а также евреев, что вызывало резкое недовольство государственных органов. Его перемещение из Курска в Иркутск в 1984 году было, по сути дела, ссылкой. Во время служения в Иркутске смог поднять авторитет православия в Сибири, находил взаимопонимание как с русскими националистами, так и с либеральными диссидентами.
Сторонник экуменического движения, считает, что «Двадцатый век — это век экуменизма, единения христианских церквей». В интервью «Московским новостям» (от 15 июля 1997 года) заявил:
пусть меня обвинят в ереси (я этого не боюсь!), тем не менее… я глубоко убежден, что католическая церковь такая же спасительная для католиков, как православная для нас. Тысячу лет западные и восточные христиане были единой церковью. Все основные догматы, изложенные в Символе веры, общие.
Один из самых либеральных архиереев Русской православной церкви. Полагает, что вопросы богослужебного языка и календарного стиля, которые «не имеют догматического значения», часто становятся камнем преткновения, в результате чего «мы превратились в фарисеев, худших, чем те, что были при жизни Христа».
24 декабря 2010 года по собственному прошению почислен на покой.
Единственный архиерей Русской православной церкви, публично признавший (в 1992 году) факт сотрудничества с КГБ (в 1972—1990 годах под псевдонимом «Реставратор»). Объяснял это своё решение необходимостью защиты интересов церкви: «Если я что-то и делал, работая с ними, то исключительно в стратегических целях, спасая церковь». Кроме того, со своими связями в центральном аппарате КГБ он мог не опасаться интриг со стороны региональных чекистов во время служения в Курске и Иркутске. По словам владыки Хризостома, в качестве одного из руководителей ОВЦС он предоставлял «органам» информацию внешнеполитического характера. Так, после посещения Эфиопии в составе официальной церковной делегации в январе 1974 года, он на основании общения с местными религиозными деятелями пришёл к выводу о непрочности монархического режима и возможности революции в этой стране (которая вскоре и произошла). Прекратил связи с КГБ после перевода в Вильнюс в начале 1990 года.
В 2002 году ещё раз подчеркнул, что не использовал свои связи с КГБ в ущерб церкви и верующим:
Что касается меня, то я входил в контакт с КГБ, но не был стукачом. Например, я, как епископ, получал согласие КГБ на назначение на приход священников. Я доказывал «сотрудникам» правоту своих действий и не пел те песни, которых они от меня ждали: про справедливость строя и мудрость правителей.
Будучи назначен архиепископом Виленским и Литовским в 1990 году, активно поддержал движение за независимость Литвы. Некоторое время был членом совета сейма движения «Саюдис», вышел из него после того, как оно начало трансформироваться в политическую партию. Резко осудил действия союзной власти во время драматических событий в Вильнюсе в январе 1991 года — позднее был награждён медалью «В память 13 января» (государственной наградой Литвы). Деятельность владыки Хризостома по поддержке литовской независимости вызвала резкое неприятие со стороны части верующих, которые требовали от Патриархии его увольнения. Позднее владыка вспоминал:
Меня тогда не приняли крикуны, которые защищали советскую власть. Да, я присутствовал на заседаниях Верховного Совета вместе с протестантским архиепископом. Мои недруги назвали меня «саюдистом». Их не интересовало, что я там говорю, каковы мои убеждения. Меня огульно обвинили в измене русской нации, «пролитовской позиции». А я лишь был солидарен с народом, желавшим обрести независимость.
Политическая позиция, занятая архиепископом Хризостомом во время событий 1990—1991 годов, оказала положительное влияние на судьбу православия в независимой Литве. Так, по Конституции Литвы Православие вошло в список из девяти традиционных для края религиозных конфессий, обладающих широкими юридическими правами, в том числе правом на получение из бюджета материальных средств для строительства молельных домов и на другие религиозные нужды. По Закону о возвращении собственности епархия получила часть недвижимости, которой она владела до 1940 года, в частности, пять жилых многоэтажных зданий в Вильнюсе, несколько церковных зданий в провинции, жилые постройки, принадлежавшие отдельным приходам. Православным были переданы Александро-Невская и Екатерининская церкви в Вильнюсе, за счёт государства восстановлена древнейшая вильнюсская Пятницкая церковь, заложенная в XIV веке. В школах с русским языком обучения православные учителя-катехизаторы преподают «Основы религии».
За период управления митрополитом Хризостомом Виленской епархией в ней построены несколько новых православных храмов (что значимо для католической страны), открыты десять приходских воскресных школ, учреждено епархиальное Православное братство Литвы, ведётся активная работа с молодёжью — организуются летние православные лагеря, проводятся паломничества молодых людей к святым местам, проходят фестивали молодежных творческих коллективов. Изданы несколько книг по истории православия в Литве.