Мисир Марданов родился 3 октября 1946 года в селе Салах Иджеванского района Армянской ССР. В 1964 году он окончил среднюю школу, а в 1969 году — механико-математический факультет БГУ. Поступил в аспирантуру, которую окончил в 1972 году.
С 1978 по 1989 годы Мисир Марданов являлся заместителем декана Механико-математического факультета БГУ, затем с 1989 года работал начальником управления высшего образования, заместителем министра народного образования. В 1992 году он стал проректором БГУ по учебной работе, оставаясь в этой должности до 1996 года, а в 1997 году был назначен на должность ректора БГУ.
28 марта 1998 года Марданов был назначен министром образования Азербайджана.
Является членом правления и Политического Совета партии Новый Азербайджан.
Иностранный член Российской академии образования (с 27 апреля 2005 года).
Женат, имеет троих детей.