В качестве преподавателя ВУЗа работает с 1980 года. За этот период участвовал в создании кафедры менеджмента в Казанском институте Российского государственного торгово-экономического университета и был её первым заведующим. Затем после защиты докторской диссертации возглавил в том же институте кафедру коммерческой деятельности на рынке товаров и услуг. В настоящее время является заведующим кафедрой маркетинга и проректором по научно-исследовательской работе КГФЭИ. Преподает в МBА при КГФЭИ дисциплины маркетинг, логистика, коммерческая деятельность, осуществляет руководство квалификационными работами. Принял активное участие в организации и проведении научно-практических конференций и студенческих олимпиад по маркетингу на международном и российском уровне.
Проводит научные исследования в области формирования эффективных экономических связей между субъектами хозяйствования в условиях инвариантности трансакционных затрат. Значительное место в своих исследованиях Мищенко А. П. уделяет формированию рациональных организационных структур предприятий различных конфигураций.
Направление преподавания: маркетинг, логистика, коммерческая деятельность, экономика.
По проблемам рациональных организационных структур предприятий различных конфигураций им подготовлено ряд кандидатов экономических наук. В настоящее время осуществляет руководство более 10 аспирантами и соискателями.
Список научных трудов содержит 138 наименований, в том числе 8 монографий по современным проблемам маркетинга и экономики и 17 учебных пособий, в том числе 4 учебных пособий с грифом УМО.
Мищенко А. П. систематически участвует в рецензировании кандидатских и докторских диссертаций, монографий, методических разработок, выступает в качестве оппонента на защитах кандидатских и докторских диссертаций в КГФЭИ и других вузах Российской Федерации.
Имеет почетное звание «Заслуженный экономист РТ». Является членом УМО по образованию в области коммерции и маркетинга, членом двух докторских диссертационных советов при КГФЭИ и КГТУ по экономике, а также членом экспертного совета технопарка «Идея» г. Казань.