Микаэль Сильвестр начал свою карьеру во французском Ренне в сезоне 1995/1996. Во Франции Сильвестр проявил себя талантливым игроком, и в сезоне 1997/1998 был подписан миланским «Интером». За итальянскую команду он сыграл 18 матчей в Серии А, а также 6 игр в еврокубках. 10 сентября 1999 года Сильвестра приобрёл «Манчестер Юнайтед».
Микаэль дебютировал в МЮ в матче против «Ливерпуля» в 1999 году. В первом сезоне на Олд Траффорд Сильвестр играл в центре обороны с Япом Стамом, замещая травмированного Ронни Йонсена. К сезону 2001/2002 Микаэль прочно закрепился в основном составе МЮ. Последнюю игру за «Манчестер Юнайтед» он сыграл 11 мая 2008 против «Уиган Атлетик» (последний тур премьер-лиги), тогда «Манчестер Юнайтед» одержал победу со счётом 2-0. Всего за Манчестер Юнайтед провёл 361 матч и забил 10 голов .
21 августа 2008 года было объявлено о переходе Сильвестра в лондонский «Арсенал».
Последнее обновление 13 ноября 2010