В 1604 году стал стольником при царе Борисе Годунове, в 1605 году уже при Лжедмитрии I ему был пожалован чин «великого мечника». Выполняя поручение Лжедмитрия, сопровождал Марию Нагую, признавшую Лжедмитрия I за своего сына.
В 1606 году с приходом к царскому престолу своего родственника, князя Василия Ивановича Шуйского (Василий IV), назначен воеводой. Активно участвовал в подавлении восстания Ивана Болотникова. Под Калугой войско Болотникова потерпело поражение от Скопина-Шуйского.
В 1608 году начал переговоры с Карлом IX о союзе против Лжедмитрия II. В обмен на помощь шведов Россия отказывалась от прав на Ливонию и уступала Корелу с уездом. В мае 1609, собрав русский отряд и получив помощь от шведов, Скопин-Шуйский выступил к Москве, разбив под Торжком, Тверью и Дмитровом войска сторонников Лжедмитрия II. Освободив поволжские города, в марте 1610 он снял блокаду с Москвы.
В 1609 году рязанский воевода Прокопий Ляпунов отправил Михаилу Васильевичу послание, в котором предполагал добиться отречения царя Василия Шуйского и самому вступить на престол. Скопин-Шуйский, опасаясь кары царя Василия, велел арестовать посланцев Ляпунова, но затем отпустил их. Он ничего не сообщил царю об этом инциденте.
Рост популярности Скопина-Шуйского в условиях смуты и нестабильности власти вызвал у царя и бояр зависть и опасение. Скопин-Шуйский получил приказ срочно прибыть в Москву. Торжественная встреча, устроенная ему москвичами, усугубила опасения бояр. На пиру по случаю крестин сына князя Ивана Михайловича Воротынского Скопину-Шуйского внезапно стало плохо . После 2-х недель болезни он умер. По распространённой версии, он был отравлен женой брата царя Дмитрия — Екатериной Скуратовой-Шуйской. Похоронен с царскими почестями в Архангельском соборе Московского Кремля.
Около 1607 года женился на Александре Васильевне Головиной, дочери окольничего Василия Петровича Головина. После смерти мужа она стала насельницей Покровского монастыря под именем инокиня Анастасия вместе со своей свекровью княгиней Еленой Петровной, урождённой княжной Татевой (1570—1613), принявшей имя инокиня Анисья.