Михаэл Рейзигер начал свою карьеру с «Аяксе», в котором провёл три года, и позже был отдан в аренду, сначала «Волендаму», затем «Гронингену», после которых вернулся в «Аякс» и стал игроком основы. С «Аяксом» Рейзигер выиграл Лигу Чемпионов в 1995 году. В 1996 году он перешёл в итальянский «Милан», где из-за травмы сыграл всего 10 матчей.
Перейдя в испанскую Барселону, Рейзигер провёл семь сезонов, выиграв два титула чемпионов Испании и кубок Испании. В 2004 Михаэл перешёл в «Мидлсбро», где провёл один сезон.
31 августа 2005 Рейзигер вернулся в Нидерланды, и подписал контракт с «ПСВ», но позже из-за травмы был вынужден завершить свою футбольную карьеру.