Магеррам Мамедъяров родился 17 октября 1924 года в селе Яйджы Джульфинского района Нахичеванской АССР Азербайджанской ССР. В 1941 году окончил Нахичеванский педагогический техникум. Был участником Великой Отечественной войны 1941—1945 годов, награжден 12 медалями и орденами. В 1949 году окончил Азербайджанский государственный университет, в 1953 году аспирантуру Ленинградского технологического института. В 1953—1955 годах работал научным секретарём в Институте химии АН Азербайджанской ССР, старшим научным сотрудником в Институте органической химии имени Н. Д. Зелинского АН СССР (1955—1959) и в институте нефтехимических процессов имени Ю. Г. Мамедалиева (1959—1969). В 1973—1979 годах — руководитель Нахичеванского регионального научного центра НАН Азербайджана. В 1980 году был удостоен Государственной премии Азербайджанской Республики за разработку технологии использования в промышленности углекислого газа термальных источников Нахичевани. В 1975—1978 годах преподавал в Нахичеванском государственном педагогическом институте (ныне Нахичеванский государственный университет). С 1981 по 1994 год работал заведующим отделением, а с 1994 по 2002 год директором Института микробиологии АН Азербайджана. С 1969 года работает заведующим лабораторией технологии и синтеза синтетических масел Института нефтехимических процессов имени Ю. Г. Мамедалиева.
Особое место в деятельности ученого занимают исследования в области органической химии, нефтехимии, нефтехимических биотехнологий. Под его руководством были разработаны технологии получения винилхлорида хлорированием этилена в «кипящем» слое катализатора в укрупненном масштабе. Проведен синтез новых типов эфирных синтетических масел, удовлетворяющих требованиям военной спецификации: микробиологические превращения нефтяных углеводородов. Была разработана биотехнология повышения нефтеотдачи пласта, основанная на использовании физиологической деятельности нефтеокисляющих микроорганизмов. Этот способ внедрен на ряде нефтедобывающих месторождений Абшерона.
Магеррам Мамедъяров — автор свыше 250 опубликованных научных работ, 3 монографий, 39 патентов и авторских свидетельств.
Под его руководством подготовлено 14 кандидатов и 1 доктор наук.