Мэри-Джо Фернандес выступает в профессиональных тенниных турнирах с тринадцатилетнего возраста, а в пятнадцать лет полностью перешла в профессиональный теннис. К этому моменту она уже была обладательницей одного из главных трофеев в юниорском теннисе, «Orange Bowl», завоёванного в 1983 году. Первый финал профессионального турнира провела в Токио в январе 1989 года («Toray Pan Pacific Open», парный разряд); первый турнир выиграла в сентябре того же года (также парный разряд, в Далласе. Первый турнир в одиночном разряде выиграла в другом токийском турнире («Nichirei International») в сентябре 1990 года. К этому моменту Фернандес уже успела сыграть в финалах Открытого чемпионата США и Открытого чемпионата Австралии в парном разряде, а также попасть в финал в Австралии в одиночном разряде, где она проиграла безоговорочной фаворитке Штеффи Граф. В 1990 году она достигла наивысшей для себя четвёртой позиции в рейтинге среди теннисисток-одиночек.
В 1991 году была одержана первая победа в турнире Большого шлема: с Патти Фендик Фернандес выиграла Открытый чемпионат Австралии и в результате добралась в этом году до четвёртой позиции в рейтинге и среди парных игроков. В 1992 году в Барселоне она дебютировала на Олимпиаде и завоевала две медали: «бронзу» в одиночном разряде и «золото» в паре со своей однофамилицей Джиджи Фернандес. Через четыре года эта пара повторила свой успех в Атланте. 1996 год стал наиболее успешным в карьере Мэри-Джо как парного игрока: за этот год она выиграла не только Олимпиаду, но и Открытый чемпионат Франции и чемпионат WTA-тура — всё, кроме Олимпиады, с другой своей соотечественницей Линдсей Дэвенпорт. В этом же году она единственный раз в своей карьере выиграла Кубок Федерации.
В 1997 году Фернандес выиграла ещё один турнир в одиночном разряде (первый и последний турнир I категории в своей карьере) и два турнира в парах, но в финалы в парном разряде она продолжала попадать практически до самого конца карьеры — в последний раз это случилось в марте 1999 года на турнире I категории в Индиан Уэллс.
Мэри-Джо Фернандес провела за сборную США в Кубке Федерации 26 игр: 12 побед и 8 поражений в одиночном разряде, 4 победы и 2 поражения в парах. Четыре раза (в 1991 и 1994—1996 годах) играла со сборной в финалах Кубка Федерации против сборной Испании, но завоевала этот трофей только один раз, в 1996 году. В этом победном финале участвовала только в парной игре и одержала в ней победу в паре с Линдой Уайлд.
Перед сезоном 2009 года возглавила сборную США в Кубке Федерации (в качестве капитана), сменив Зину Гаррисон. В этом же году американки впервые за 6 лет вышли в финал турнира (где уступили сборной Италии).
Отец Мэри-Джо, Хосе, выходец из Испании, встретился с её матерью, Сильвией, на Кубе во время деловой поездки. Их дочь была крещена по католическому обряду и получила имя Мария Хосе (после переезда в США имя было англифицировано).
В июле 2000 года Мэри-Джо вышла замуж за спортивного агента Энтони Годсика. Дети: Изабелла Мария (род. в 2001 году), Николас Купер (род. в 2004 году).
После окончания спортивной карьеры Мэри-Джо работает спортивным комментатором на канале ESPN. Снималась в рекламном ролике Американской Ассоциации Сердца (American Heart Association) с Крис Эверт и Моникой Селеш. Активно участвует в социальных программах, направленных на помощь детям из бедных семей и детям-астматикам.