23 августа 1933 года Мечислав Богаткевич был рукоположён в священника, после чего преподавал в начальной семинарии в Дрохичине и одновременно обучался в Варшавском университетет. С 1936 по 1939 год был префектом в гимназии города Лунинец. После начала II Мировой войны гимназия была закрыта и Мечислав Богаткевич переехал к своему младшему брату священнику Станиславу Богаткевичу, который служил настоятелем. В ноябре 1941 года Мечислава Богаткевича назначили настоятелем в католический приход города Верхнедвинск, Белоруссия. 16 января 1942 года был арестован Гестапо и заключён в тюрьму. 4 марта 1942 года Мечислав Богаткевич вместе с группой заключённых был расстрелян в лесу возле города Глубокое.
13 июня 1999 года был беатифицирован Римским Папой Иоанном Павлом II вместе с другими польскими мучениками II Мировой войны.
День памяти — 12 июня.