Учился в Университете Мак-Мастера (Гамильтон, Канада) и Чикагском университете, в котором получил степень PhD. Работал в Массачусетском технологическом институте, Чикагском и Стэнфордском университете, в котором сейчас он носит звание почётного профессора имени Фрэнка Э. Бака.
В 2003 году Шоулз был замешан в скандале вокруг американского хедж-фонда LTCM (англ. Long-Term Capital Management), в котором являлся одним из партнёров, наряду с другим нобелевским лауреатом Робертом Мертоном. Фонд обвинялся в уклонении от уплаты налогов, а экспертом-консультантом со стороны государства на судебном процессе выступал лауреат Нобелевской премии по экономике 2001 года Джозеф Стиглиц.