В 1985 году Тревор Данн, Дэнни Хейфец, Тео Ленгиел, Клинтон МакКиннон, Трей Спруэнс и Майк Паттон основали школьную группу Mr. Bungle. Музыканты довольно быстро приобрели локальную популярность и часто играли на вечеринках. По словам участников группы, именно с этим способом заработка связана фишка группы, выражающаяся в частой смене стилей, поскольку им приходилось быстро подстраиваться под желания публики. Первый профессионально записанный альбом группы (Mr. Bungle) вышел в 1991 г. и был спродюсирован Джоном Зорном. В 1999 г. группа распалась в связи с творческими разногласиями участников.
В 1988 году Паттон был приглашён в качестве вокалиста в группу Faith No More. С его участием связан наиболее успешный период существования группы, начавшийся с выходом альбома «The Real Thing», песни для которого, по легенде, были написаны за несколько дней. Группа прекратила существование в 1997 г. из-за творческих разногласий участников. Стоит отметить, что в 90-е годы Паттон считал своим основным занятием участие в Mr. Bungle, а не в FNM. В феврале 2009 года легендарная группа воссоединилась и с 10 июня 2009 года дает турне по всему миру, в том числе в гастроли включена и Россия (Москва — Санкт-Петербург).
Незаурядные вокальные данные Паттона и его экстраординарность привлекли внимание авангардного композитора Джона Зорна. Начало их сотрудничества относится к 1991 г., когда Зорн стал продюсером альбома «Mr. Bungle». Примерно в то же время Майк стал участвовать в концертных выступлениях «Naked City» в качестве вокалиста, исполняя партии, в основном состоящие из художественного визга. Кроме того, Паттон выступал в качестве приглашённого вокалиста на некоторых сольных альбомах Зорна («Elegy» (1992), «The Big Gundown» (2000), и др.) и различных концертах. Вместе с Зорном и Икуэ Мори Паттон участвовал в импровизационном проекте «Hemophiliac». С 2006 г. основной формой сотрудничества Паттона и Зорна является т. н. «Moonchild Trio», исполняющее минималистичный метал.
Первый сольный альбом Майка «Adult Themes For Voice» (Tzadik, 1996) был записан им в гостиничных номерах во время турне с Faith No More. Он состоит из голосовых изощрений без единой ноты музыкального сопровождения.
В 1997-м вышел второй сольный альбом Майка «Pranzo Oltranzista» в стиле авант-джаз
Процесс создания музыки Майком не слишком традиционен. Он свою музыку придумывает, строит. Он рисует её на бумаге — два удара колокольчиков, конец фразы — гитарный риф, который через тридцать секунд внезапно сменяется затянутой нотой, сыгранной на Хэммонд-органе. Композитор продумывает все музыкальные события до мельчайших деталей, а потом записывает дома демокассеты. «Я не владею ни одним музыкальным инструментом… точнее говоря, я немножко играю на гитаре, на фортепиано и стучу на барабанах, но я никогда бы не стал делать этого на публике…». Да, но во время концертов ты всё-таки играешь на каких-то клавишных. «Ах, это просто клавиатура, соединённая с семплером, не более чем двадцать пластмассовых клавиш. Играть на них не нужно, нажимаешь кнопку, выскакивает звук. Так вот, мои демокассеты и рисунки я показываю ребятам. Кассеты звучат вовсе не так, как должен звучать результат — они не так интересны, в них, так сказать, больше грува, но ребята понимают, что я имею в виду. Они — удивительные музыканты, они способны сыграть всё, что я придумываю, причём именно так, как я себе это представляю».
В апреле 1998 года Паттон заявляет о создании своей собственной супергруппы, впоследствии получившей название Fant?mas в честь героя французских комиксов. В её состав вошли Тревор Данн, Базз Осборн и Дэйв Ломбардо. Исполняемая группой музыка представляет собой экспериментальный метал, вдохновлённый идеями мультипликационной и кинематографической музыки, а также комиксами. К 2005 году группа выпустила 4 студийных альбома и несколько живых записей, выпуск нового альбома планировался в 2008 г.
В 1999 году был записан единственный альбом «She» совместного проекта японского шумовика Merzbow и Паттона «Maldoror». Для альбома были использованы записи концертных выступлений Merzbow, смикшированные Паттоном. По словам самого Паттона, ему был интересен эксперимент с шумом, и он его сделал без каких-то серьёзных намерений, просто в шутку. На этом альбоме Паттон не выступает в качестве вокалиста.
Группа «Tomahawk» была основана в 2000 г. Изначально она играла достаточно простой альтернативный рок, но постепенно в стилистике группы наметились изменения. Альбом «Anonymous», вышедший в 2007 г., эксплуатирует темы песнопений воинственных племён.
Проект Майка, посвящённый гангста-рэповой тематике.
Озвучил последний процессор GLaDOS в игре Portal. Так же в 2007 году Майк озвучил Тьму в игре The Darkness и полностью озвучивал Натана Спенсера в игре Bionic Commando 2009 года. В 2011 озвучил Тьму в The Darkness 2.
Проект «Peeping Tom» был создан Паттоном в 2006 г. в качестве «ответа» поп-музыке. Альбом проекта создавался путём обмена записями по почте с различными музыкантами, в числе которых Massive Attack, Амон Тобин, Нора Джонс и др. Важной особенностью альбома являются провокационные тексты.
В 2001 году было сделано 6 или 7 композиций проекта «Peeping Tom», они быстро распространились по интернету, но не были выпущены официально.
Последний на сегодняшний день проект Паттона связан с исполнением итальянских песен 1950-60-х годов в сопровождении небольшого оркестра.
Lovage — трип-хоповый проект известного продюсера Дэна Накамуры (Dan The Automator), известного также по таким проектам, как Dr. Octagon, Deltron 3030, Handsome Boy Modeling School и Gorillaz. В Lovage участвовали также Майк Паттон, Kid Koala, Деймон Албарн, Prince Paul и Дженнифер Чарльз. Единственный альбом проекта «Music To Make Love To Your Old Lady By» выпущен в ноябре 2001 года.