Начала заниматься волейболом в Нижнем Новгороде. В 2001—2004 годах выступала за липецкий «Стинол», в 2004—2009-м — за московское «Динамо», в сезоне-2009/10 играла в турецком «Эджзаджибаши» (Стамбул), с 2010 года — игрок казанского «Динамо».
В составе московского «Динамо» Мария Борисенко стала трёхкратной чемпионкой России (2006, 2007, 2009), серебряным призёром российского первенства (2005 и 2008), финалистом Кубка России (2004, 2005, 2007, 2008), бронзовым призёром Кубка России (2006), финалистом розыгрыша Лиги чемпионов 2007 и 2009, финалистом Кубка топ-команд 2006. В составе «Эджзаджибаши» — бронзовый призёр чемпионата Турции. В составе казанского «Динамо» — обладательница Кубка России (2010) и чемпионка России (2011), финалистка и лучшая блокирующая «Финала четырёх» Кубка России (2011), бронзовый призёр и лучшая блокирующая «Финала четырёх» Лиги чемпионов (2012).
В 2002—2004 годах выступала за молодёжную сборную России (бронзовый призёр чемпионата Европы 2004, участник чемпионатов Европы 2002 и мира 2003), а в 2003-м — и за юниорскую сборную (участник чемпионатов мира и Европы).
С 2005 года Мария Борисенко (Бородакова) выступает за национальную сборную России по волейболу. В её составе: двукратная чемпионка мира (2006 и 2010), серебряный призёр Гран-при 2006 и 2009, бронзовый призёр чемпионатов Европы 2005 и 2007, участница Олимпийских игр 2008. В конце 2006 года Марии Бородаковой было присвоено звание заслуженный мастер спорта России.