Мария Антония была дочерью баварского курфюрста Карла Альбрехта (который позже стал императором Карлом VII) и австрийской эрцгерцогини Марии Амалии. Как старшая дочь влиятельных родителей она была интересна для женитьбы для многих европейских князей и имела политическую значимость. Она получила хорошое воспитание и образование, в том числе в области живописи, поэзии и музыки.
20 июня 1747 года в Дрездене она вышла замуж за саксонского курпринца Фридриха Кристиана, с которым она во время Семилетней войны в 1759 году сбежала от пруссов в Прагу и Мюнхен и который через десять недель после коронации 17 декабря 1763 умер от оспы. Поскольку старший сын, курфюрст Фридрих Август был ещё несовершеннолетным, она вместе с деверем, Францем Ксавером правила до 1768 года курфюршеством.