Родился 18 сентября 1926 в г. Павловском Посаде Московской области в семье служащих Манухина Сергея Антоновича и Манухиной (Болтинской) Елизаветы Алексеевны. Мать умерла вскоре после родов, и второй матерью для Виктора стала тетя Евдокия Антоновна Манухина (1886—1973), родная сестра отца. В 1945 г. поступил на китайское отделение Московского института востоковедения (МИВ), которое окончил в 1952 г. На последних курсах проходил двухгодичную стажировку в Китае, работая переводчиком.
С 1953 по 1956 гг. учился в аспирантуре восточного отделения филологического факультета МГУ им. М В. Ломоносова по кафедре китайской филологии (зав. кафедрой проф. Любовь Дмитриевна Позднеева). Был в числе первых сотрудников кафедры китайской филологии филологического факультета ИВЯ при МГУ: с 1956 г. преподаватель, затем доцент (ученое звание присуждено 24 сентября 1969 г.). 20 ноября 1964 г. защитил кандидатскую диссертацию по теме «Социально-обличительный роман „Цзинь, Пин, Мэй“ (XVI в.). От традиций к новаторству» (научный руководитель — проф. Л. Д. Позднеева). В разные годы вел курсы по истории средневековой китайской литературы, иероглифике, древнекитайскому языку, истории китайской культуры, занятия по стихотворному переводу. Руководил многочисленными курсовыми, дипломными и диссертационными работами. С 1973 г. — доцент кафедры истории литератур стран Азии и Африки ИСАА. Автор более 25 публикаций (статьи в журналах, справочных изданиях, главы в учебных пособиях). Всю свою научную жизнь В. С. Манухин посвятил изучению романа «Цзинь, Пин, Мэй, или Цветы сливы в золотой вазе». Выполненный им перевод романа — в сокращенном наполовину виде и искаженный редакторским вмешательством — был издан в 1977 г. в издательстве «Художественная литература», полный авторский перевод романа объемом ок. 98 п. л. не издан до сих пор.
В родном городе Павловском Посаде был известен как интеллектуал, эрудит и библиофил. Проживал в одноэтажном деревянном доме по адресу ул. Ленина, 17. Архив и научная библиотека В. С. Манухина были переданы коллегам из ИСАА. Похоронен на погосте Павлово-Посадского Покровско-Васильевского монастыря на участке у южной стены собора.