Манолис Андроникиос родился 23 октября 1919 года в вифинийской Прусе (сегодняшней турецкой Бурсе). В 1923 году его семья, вместе с тысячами греческих беженцев из Малой Азии, нашла убежище в македонской столице, городе Салоники, где он и вырос.
Андроникос закончил философский факультет Афинского университета и в 1952 г. стал профессором Классической археологии, Аристотелевского университета в Салониках. Позже он продолжил учёбу в Оксфорде (1954—1955), у известного профессора сэра Джона Бизли. Андроникос вернулся в Аристотелевский университет в 1957 году и в 1964 году стал его профессором. Андроникос проводил раскопки в Верии, Наусе, Килкис, п-ве Халкидики и в Салониках, но главным событием его жизни стали раскопки в Вергине.
Умер Манолис Андроникос в Салониках 30 марта 1992 года.
8 ноября 1977 года состоялось одно из величайших археологических открытий XX века: Андроникос раскопал, как он полагает, захоронение царя Македонии Филиппа II, в древней столице Македонии, городе Эгес (греч. ?????), у современного селения Вергина, в македонском номе Иматия, Греция. С этим соглашаются многие археологи, но есть и голоса оспаривающие это. Захоронение содержало такие бесценные предметы как золотой ларнак, золотые венки. Хорошо сохранились настенные росписи. Все переносные находки были вывезены на хранение в в Археологический музей в Салониках.
Богатство захоронения не вызывало сомнений, что оно принадлежит члену царской семьи. После анализа останков и их соответствия с историческими данными о Филиппе, как-то ранения глаза и ноги, Андроникос заявил археологическому сообществу, что найденное захоронение принадлежит Филиппу II.
Раскопки в Эге-Вергине не прекращаются. После завершения строительства музея, переносные находки вернулись в Вергину. Эгес-Вергина вместе с городом-святилищем Дион (греч. ????) у северного склона Олимпа, последующей столицей Македонии, городом Пелла, и сегодняшней столицей, городом Салоники, составляют историческое и туристическое Кольцо Македонии.
Андроникос написал большое количество научных трудов по результатам раскопок и издал, для более широкой аудитории, книгу «Вергина — могилы базилевсов». Манолис Андроникос не был политиком; всю свою жизнь он посвятил археологии. Но касаясь деликатной проблемы, возникшей после Второй мировой войны, а именно попыток узурпации греческого имени Македонии и её истории северным славяноязычным государством, он писал в своей книге «Греческое сокровище»:
После Вергины, Андроникос стал членом многих археологических обществ и академий.