Брат Алексея Фёдоровича и Павла Фёдоровича Малиновских.
В. Ф. Малиновский происходил из семьи духовного звания. Отец его, протоиерей, Фёдор Авксентьевич служил при Московском университете. Семья Малиновских имела старинные связи с семьей Пушкиных; Павел Фёдорович Малиновский, был свидетелем на свадьбе родителей А. С. Пушкина. В 1781 году В. Ф. Малиновский после 6 лет учёбы окончил философский факультет Московского университета. Превосходно знал иностранные языки, в том числе греческий, древнегреческий и латынь.
В 1789 году начал работать переводчиком в русской дипломатической миссии в Лондоне.
В 1791 году он женился на Софье Андреевне Самборской (1772—1812) — дочери образованного и патриотически настроенного священника А. Ф. Самборского, от которой имел трёх сыновей и трёх дочерей: Андрей (ок. 1805—25.05.1851) — лицеист 3-го курса (1817—1823), поручик гвардии конной артиллерии; Иван (1796—1873), лицейский товарищ А. С. Пушкина; Иосиф (1806—1832) — воспитанник Благородного пансиона при Царскосельском лицее (выпуск 1828 года); Анна (22.12.1797—24.12.1883) — в апреле 1825 года вышла замуж за декабриста А. Е. Розена и вскоре последовала за ним в Сибирь; Елизавета (род. 1794); Мария (1809—1899) — в 1834 году стала женой лучшего выпускника первого лицейского выпуска — В. Д. Вольховского.
В конце 1791 года Малиновский был направлен переводчиком на конгресс в Яссы, завершивший русско-турецкую войну. В 1801 году после длительного перерыва в службе, В. Ф. Малиновский был назначен генеральным консулом в Молдавию. В Яссах он пробыл около двух лет и в 1802 году возвратился в Россию.
По своём возвращении, Малиновский начал издавать журнал «Осенние вечера», в котором напечатал свои статьи «О войне», «Любовь России», «История России», «Своя сторона». Выпустил в свет под инициалами «В. М.» «Рассуждения о войне и мире». В том же году обратился к канцлеру графу Кочубею В. П. с проектом «Об освобождении рабов» — одного из первых проектов отмены крепостного права в России.
В Москве Малиновский участвовал в работе медико-филантропического комитета, бесплатно директорствовал в доме трудолюбия, дававшем приют 30 девицам бедного состояния.
В июне 1811 года Василий Фёдорович Малиновский получил назначение на должность директора Царскосельского лицея. Тяжело сложилась его директорская пора. Сначала грянула война 1812 года, затем в этом же году умерла жена Малиновского, оставив на его попечении малолетних детей. Человек добрый и скромный, он содействовал установлению в Лицее дружественных отношений между наставниками и воспитанниками, не случайно в его семье лицеисты любили проводить досуг - в беседах с ним и его близкими. В своей записной книжке он сформулировал важный этический принцип:
В. Ф. Малиновский уделял большое внимание политико-правовым проблемам войны и мира. По его мнению,в борьбе за вечный, всеобщий мир должно было участвовать всё человечество. Был сторонником теорий естественного права и общественного договора. Главными ценностями человека провозглашал свободу и равенство. Его концепция недействительности всяких отношений между людьми, не основанных на равенстве и свободе, объективно была направлена против крепостного права. В то же время он был убеждён в божественном происхождении государственной власти, вследствие чего предлагал меры, способные конституционно ограничить абсолютизм в России. Сторонник мирного, реформаторского пути преобразования действительности, он осуждал революционные методы и, в частности, Французскую революцию, но указывал на необходимость учёта её опыта. Критикуя тиранию и абсолютизм, он развивал мысль о необходимости подчинения власти законам, которые в свою очередь должны были быть выражением общей воли народа.
Малиновский много сил отдал подготовке и открытию Благородного лицейского пансиона, который был призван дать начальные знания для учёбы в Лицее. Накануне открытия пансиона, 26 января 1814 года, Малиновский записал в дневнике: «Ночь не спал от волнения с вечера до четырех утра… Много забот по пансиону… слаб». Вскоре после непродолжительной болезни В. Ф. Малиновский скончался и был похоронен на Охтинском кладбище. А.С. Пушкин и некоторые другие лицеисты присутствовали на его похоронах. Заботу о его детях взяла на себя сестра Софьи Андреевны Малиновской — Анна Андреевна Самборская. Позже, Иван Малиновский часто приводил лицейских друзей домой, где они рисовали и дарили свои работы Анне Андреевне как благодарность за гостеприимство. Комплект сохранившихся рисунков, среди которых есть и рисунок Александра Пушкина, находится ныне в Москве в музее А. С. Пушкина.
В 1961 году, к 150-летию Лицея, по инициативе первой хранительницы музея-Лицея Марии Петровны Руденской (1906-1978) на могиле Малиновского на чёрной стеле надгробного памятника была установлена мемориальная доска.