Гипотеза, высказанная в статье, постулировала существование третьего поколения кварков, которое было экспериментально подтверждено через 4 года с открытием b-кварка.
Кобаяси родился в городе Нагоя. Закончил Нагойский университет, защитил в нём докторскую диссертацию в марте 1972. С 1972 работал в Киотском университете, с 1979 — в Национальной лаборатории физики высоких энергий. С 2003 — директор Института исследований частиц и ядра (подразделение KEK — Исследовательской организации ускорителей высоких энергий, Цукуба). С июня 2006 на пенсии (профессор КЕКа в отставке). Лауреат многочисленных национальных и международных премий.
Макото Кобаяси дважды женат и имеет двух детей. В 1975 году он женился на Сатико Эномото, а в 1977 году у них родился сын Дзюнъитиро. После смерти жены Кобаяси женился повторно в 1990 году, на Эмико Накаяме. Их дочь зовут Юко.
Кобаяси получил в 1985 году премию Сакураи, в 2008 году награждён Орденом Культуры и стал лауреатом Нобелевской премии по физике.