По национальности даргинец. В 9-летнем возрасте умер его отец Абдулгамид. В это время мальчик занялся обучением Къуръана у своего деда Абдуллаха, который был одним из тех, кто обучал детей этому курсу.
Дед Абдуллах был противником атеистическо-коммунистического государства.
Закончил 9 классов губденской средней школы. Учился на «отлично». Учёбу в школе совмещал с уроками ислама; до полудня учился в школе, а после уроков шёл на уроки ислама. Изучал шариатские науки под руководством местных знатоков (мазхабов). Изучил арабский язык, грамматику арабского языка, Хадис и Тафсир.
В 1990 году во главе с шейхом Багауддином Мухаммадом участвовал в митингах за свободное совершение хаджа.
После распада СССР, в 1992 году, в родное село Вагабова приехали арабы Джамаата Таблигъ. Магомедали, владевший арабским языком, был у них переводчиком и ходил с ними по Дагестану, обучая народы Дагестана намазу и основам Ислама.
В 1994 году 19-летний Магомедали отправился на религиозное обучение в Пакистан. Там, в Карачи поступил в школу хафизов, где в течение года наизусть выучил Коран. Благодаря усердной учёбе сдал экзамен и получил диплом хафиза. Изучал Шариат в области усулуль-фикх и усулуль-хадис. Посещал частные уроки у шейхов. Побывал в Райванде — центре мирового Таблигъа, пробыл там в учёбе несколько месяцев. Поменял свои взгляды от следования учению мазхабов (богословско-правовая школа) и полностью перешёл на акъиду АсСаляф, особенно после чтения книг имама Абдуль Хасана Аль Ашари, Аль Ибана Рисаляту иля Агьлю Сагър-Сибабиль.
Находясь в Пакистане до 1997 года, Вагабов обучился фарси и урду.
После окончания обучения в Пакистане, в 1997 году вернулся домой, в Губден и открыл в Губдене медресе — школу хафизов.. Там же давал уроки по хадисоведению, входил в Шуру Джамаата Таблигъ. Служил имамом аульской мечети, также давал проповеди в других мечетях Дагестана, в том числе Пятничные проповеди в Центральной мечети Губдена.
Тогда Вагабов был осуждён по статье «Организация незаконного вооружённого формирования» на 3 года лишения свободы.
26-летний Магомедали был амнистирован и, отвратив помыслы от Аллаха, ступил на кривую дорожку бандитизма. Через полгода связь с моджахедами нашлась. Будущий амир Сейфуллах Губденский наладил связи с амиром Дауд-Умаром и наставил себя на Джихад в родной республике.
Вагабов вновь отправляется в Пакистан. Якобы, на учёбу. Отнюдь, как оказалось, не на мусульманское обучение, а в лагеря подготовки террористов. Он проходит диверсионно-боевую подготовку в одном из пакистанских лагерей, при этом контактируя с представителями международных террористических организаций. Те поручились оказывать материальную и вербовочную помощь будущему опасному террористу.
По возвращении из пакистанского диверсионно-террористического учебного лагеря, осенью того же года, Магомедали собрал нескольких уголовников, с которыми пытался перейти в Чечню. Однако приказ амира Раббани заставил Вагабова с несколькими моджахедами остаться на зимовку в одном из лесов Хасавюртовского района Дагестана. Приказ был отдан Шамилем Басаевым и Асланом Масхадовым согласно директиве распространения священной войны за пределы мятежной Чечни. Боевики, к которым позже примкнул Дауд Эндирейский, вырыли в лесу блиндаж и зазимовали в нём.
Весной 2004 года Вагабов основал в Губдене боевую группу. Помимо вербовки новых боевиков, основательно занялся и материально-технической стороной её деятельности: основал лесные базы, схроны, тайники, блиндажи.
Магомедали перешёл в подчинение к амиру Муслиму (Расулу Макашарипову). С декабря 2005 года по август 2006 года в одиночку скрывался в дагестанских лесах. Бродил по лесам, по огородам,по оврагам и холмам, залезал на высокие деревья, призывая жителей на Джихад.
В начале 2006 года был уничтожен лидер Губденской группировки Шамиль Абидов. Вагабов же, как его наиб, взял руководство Джамаатом на себя. Став амиром, Вагабов назначил своим наибом Ясина Расулова. Позже Расулова с другим лидером боевиков - Гаджи Меликовым он отправил в Махачкалу для организации Шамилькалинского Джамаата. Весной-летом Расулов и Меликов были уничтожены в ходе проведения спецопераций. 25 августа Вагабов создал новую группу. Первыми, кто в неё вошёл, были Зубейр Губденский (уничтожен) и Шамиль Куппинский (уничтожен).
В середине июля 2010 года омрами амира Имарат Кавказ Доку Умарова был назначен командующим Дагестанским Фронтом (омра № 16), валием вилайята Дагестан (омра № 15), верховным кадием Шариатского суда Имарата Кавказ (омра № 17).
В 2010 году принял участие в организации террористических актов в Москве, повлекших гибель 40 и ранения 88 человек.
Вагабов и ещё 4 террориста были уничтожены в ходе спецоперации ФСБ в августе 2010.