Магнус Хиршфельд родился 14 мая 1868 года в городе Кольберге, в Пруссии. Он сначала изучал филологию и философию в Бреслау и Страсбурге. С 1888 по 1892 год Хиршфельд изучал медицину в Страсбурге, Мюнхене, Гейдельберге и Берлине. После учебы он путешествовав некоторое время по США и Африке. Два года спустя, после работы врачом в Магдебурге, он осел в Берлине, практикуя как врач.
В 1896 году Хиршфельд опубликовал под псевдонимом Th. Ramien эссе под названием «Сафо и Сократ», в котором он доказывал тезис о том, что гомосексуальность является частью человеческой сексуальности и должна быть предметом науки. Он настаивал на том, чтобы были изменены законы (параграф 175), предусматривающие наказания за гомосексуальные отношения.
Находясь под большим влиянием работ Карла Генриха Ульрихса Хиршфельд основал 15 мая 1897 году вместе с издателем Максом Спором, юристом Эдуардом Обрергом и писателем Максом фон Бюлов «Научный гуманитарный комитет» — первую организацию, защищавшую права геев. У этого Комитета были следующие задачи: добиваться отмены статьи 175 Уголовного кодекса Пруссии, запрещающего занятие гомосексуальными действиями между мужчинами (о женской гомосексуальности в этой статье вообще не упоминалось); заниматься общественным просвещением, что означало бороться с предрассудками в отношении гомосексуальности и самих гомосексуалов; представлять интересы гомосексуалов в их борьбе за свои права. Для достижения первой цели по инициативе Хиршфельдом был проведен сбор подписей под петицией протеста против статьи 175. Удалось собрать более шести тысяч подписей — среди них были подписи Альберта Эйнштейна, Льва Толстого, Эмиля Золя, Германа Гессе и Томаса Манна. Петиция была направлена в рейхстаг, но была рассмотрена лишь через 25 лет.
Среди других мероприятий Комитета можно назвать распространение в 1899 году первого печатного издания, предназначенного для геев и лесбиянок: «Ежегодное обозрение для людей с иной сексуальностью» (нем. Jahrbuch f?r sexuelle Zwischenstufen). Это издание выходило до 1922 года, когда экономический крах в Веймарской республике обусловил его закрытие. В ежегоднике публиковались результаты научных и культурологических исследований в области гомосексуальности.
В 1908 году он издавал короткое время журнал по сексологии, но в том же году был вынужден его закрыть. В тот же год произошел политический скандал (знаменитое дело Мольтке-Хардена- Эленберга), в который были втянуты высокопоставленные гомосексуалы из окружения кайзера Вильгельма II. Как и следовало ожидать, в обществе стало насаждаться и распространяться враждебное отношение к набирающему силу движению гомосексуалов за свои права. Поэт Отто Ройттер написал сатирические стихотворения на тему деятельности Хиршфельда и на гомофобию среди офицеров и знати. Это еще больше подняло авторитет Хиршфельда и его деятельности среди населения Германии.
В 1910 году Хиршфельд вводит в употребление понятие трансвестит как обозначение для людей, расположенных к ношению одежды противоположного пола. В том же году был принят новый закон, сурово карающий лесбиянок и геев. Первая мировая война вынудила Хиршфельда прервать свою правозащитную деятельность и работать в военном лазарете. Незадолго до конца войны был основан «Фонд Магнуса Хиршфельда».
В опубликованном в 1921 году призыве Научного гуманитарного комитета был ярко выражен настрой движения на борьбу. Вот несколько строк из него: «Гомосексуалисты! Справедливого отношения к себе вы можете добиться только за счет собственных усилий. Свобода быть гомосексуалистом может быть отвоевана только самими геями». 18 марта 1922 года, двадцать пять лет спустя после первого опубликования петиции Хиршфельда, она наконец попала на рассмотрение в рейхстаг. Однако в атмосфере нарастающего политического хаоса Веймарской республики она была отклонена.
На втором конгрессе института в Копенгагене (1928) была основана «Всемирная лига сексуальных реформ». За ним последовали конгрессы в Лондоне (1929), Вене (1930) и Брюнне (1932). Бюро организации находилось в институте сексологии в Берлине. В 1935 году организация была распущена. Английское же отделение продолжало свою работу.
В 1919 году Хиршфельд участвовал в качестве консультанта в съемках одного из первых в истории кинематографа фильмов, посвященных гомосексуальности, «Не такой как все». Режиссёром фильма был Рихард Освальд, а в главной роли снялся Конрад Фейдт. В фильме рассказывалась история виолончелиста, который стал жертвой шантажа ввиду своей гомосексуальности. На премьере этого фильма 24 мая 1919 года Хиршфельд выступил перед собравшейся публикой со следующими словами:
Фильм сохранился не полностью.
В 1920 году на Хиршфльда после его лекции в Мюнхене было осуществлено нападение, в результате которого он находился в тяжелом состоянии, а некоторые газеты даже писали, что он скончался.
В 1926 году Хиршфельд едет в Москву и Ленинград по приглашению правительства СССР. Затем он путешествует по Северной Америке и Азии. После своего возвращения он отправляется в эмиграцию сначала в Швейцарию, а затем во Францию.
В 1933 году по приказу национал-социалистов был закрыт институт сексуальных наук в Берлине. 6 мая 1933 года институт был разрушен, а книги сожжены на Оперной площади Берлина.
После того как Хиршфельду не удалось основать новый институт в Париже, он переселяется в Ниццу, где умирает в возрасте 67 лет (1935).
В 1999 году Роза фон Праунхайм снял игровой фильм «Магнус Хиршфельд — Эйнштейн секса».
По инициативе Союза геев и лесбиянок Германии 6 мая 2008 года один из набережных променадов на Шпрее недалеко от здания Федерального канцлерства в Берлине был переименован в Набережную Магнуса Хиршфельда (нем. Magnus-Hirschfeld-Ufer).