Мюллер начал свою карьеру в клубе «Сан-Паулу» в 1984 году и выступал за этот клуб до 1987 года, выиграв два чемпионата Сан-Паулу и чемпионат Бразилии, а также стал игроком национальной сборной, в составе которой поехал на чемпионат мира, где уже на самом турнире завоевал место в стартовом составе команды.
В 1988 году Мюллер перебрался в Италию, где стал выступать за «Торино», несмотря на то, что бразилец забивал в команде-аутсайдере в каждой третьей игре, это не спасло туринский клуб от «вылета» в серию В, однако Мюллер помог клубу выиграть два кубка Италии, что было несомненным успехом клуба.
Сразу после этого Мюллер покинул Европу и вернулся в «Сан-Паулу», выиграв с командой ещё два чемпионата штата и первенство Бразилии. Но наибольших успехов клуб добился на международной арене, выиграв два кубка Либертадорес и два межконтинентальных кубка, во втором из которых гол Мюллера принёс победу «Сан-Паулу» в матче с «Миланом» 3:2, после чего Мюллер был признан лучшим игроком матча.
В 1995 году Мюллер уехал на заработки в Японию, выступая за клуб «Касива Рейсол». Вернувшись в Бразилию через год, Мюллер перешёл в «Палмейрас», выиграв с командой свой последний титул чемпиона штата. В 1996 году «Палмейрас» установил рекорд по количеству голов в чемпионате, наколотив 100 мячей, часть из которых пришлась на долю Мюллера.
Следом за «Палмейрасом», Мюллер играл за «Сан-Паулу», уже не показывая своего былого уровня игры и итальянскую «Перуджу», за которую провёл лишь 6 матчей. В 1997 году Мюллер перешёл в «Сантос», где играл два года, но никаких титулов не добился. После этого, Мюллер перешёл в «Крузейро», выиграв с клубом несколько трофеев.
Позже Мюллер играл за «Коринтианс», «Сан-Каэтано», «Тупи», «Португезу Деспортос» и «Ипатингу».
Завершив карьеру игрока, Мюллер стал телекомментатором, рабоатя на телеканале TV Bandeirantes, в том числе и на матчах чемпионата мира 2006 года. А сразу после турнира, Мюллер стал на должность исполнительного директора клуба «Санту-Андре», подписав контракт на 5 лет.