Первоначально изучал богословие в Берне, потом медицину. Жил в Париже, Лондоне и Лейдене, где изучал естественную историю. В 1854 г. поселился в Берне, а в 1855 г. получил место профессора зоологии и сравнительной анатомии в Базеле. Изучал ископаемые фауны Швейцарии и напечатал ряд статей о происхождении некоторых групп млекопитающих.
Важнейшие работы Рютимейера:
и многие другие.