Карьеру профессионального футболиста начал в 1997 году в клубе «Ивердон», во второй швейцарской лиге. В сезоне 1998/1999 «Ивердону» удается выйти в высшую лигу Швейцарии. В 2000 году переходит в «Лугано», где демонстрирует стабильную и уверенную игру. Будучи замечен скаутами из Бундеслиги зимой 2001/2002 перебирается в «Вердер» примерно за 1 млн швейцарских франков. Пробиться в основу в Бремене получается не всегда, к этому добавляются многочисленные травмы. В 2005 году Маньен переходит в «Штутгарт», где и играет до сих пор. В феврале 2008 года продлил действующий контракт до 2010 года.
Дебютировал в сборной Швейцарии в 2000 году.
В составе сборной участвовал в чемпионатах Европы 2004 (1 матч) и 2008 (3 матча без замен) годов, а также в чемпионате мира 2006 года (3 матча). На Евро-2008 после травмы Александра Фрая Маньен стал капитаном сборной и выводил её на матчи с Турцией (1-2) и Португалией (2-0).
Матчи в национальных чемпионатах. По состоянию на начало сезона 2009-10