Во время раздоров между Гизами и Бурбонами, Конде, женатый на племяннице Колиньи, стал главой гугенотского заговора в Амбуазе. Заговор был открыт, Конде приговорён к смерти, но спасён Франциском II (1560).
Командуя гугенотами, Конде (1562) начал первую религиозную войну, взяв города Орлеан, Руан и др., но в конце этого года был разбит при Дрё; раненый и взятый в плен, он заключил мир в Амбуазе (1563).
После нескольких лет бездействия Конде снова взялся за оружие и после сражения при Сен-Дени осадил Шартр, но в 1568 вторично заключил мир с двором. Удачно избегнув покушения его противников Конде начал новую войну (1569) и в сражении при Жарнаке был ранен, взят в плен и убит бароном де Монтескью по приказу герцога Анжуйского.
22 июня 1551 года Людовик I де Бурбон-Конде вступил в брак с Элеонорой де Руа (24 февраля 1535 — 23 июля 1564, Конде-ан-Бри). В этом браке было рождено 8 детей:
8 ноября 1565 года Людовик вступил в брак с Франсаузой Орлеанской Лонгвиль (5 апреля 1549, Шатодён — 11 июня 1601, Париж) родились: