В 1865 году поддержал генерала Мариано Игнасио Прадо в организованном перевороте против президента Песета, после чего ему было присвоено звание капитан-лейтенанта, а также командовал эскадрой во время конфликта с Испанией в 1866 году.
В 1871 году он был избран в сенат от провинции Пьюра, через пять лет он был повышен в звании до контр-адмирала. После начала войны с Чили был назначен командующим силами юга страны.
После ареста и депортации президента Кальдерона Лисардо Монтеро Флорес стал временным президентом Перу и вёл переговоры о заключении мира. Отказ от уступки территорий вынудил его удалится из столицы и организовать работы правительства в Арекипе. В течение следующих нескольких лет Перу охватила анархия, различными частями страны управляли разные правительства, север страны был подконтролен Мигелю Иглесиасу, а центральная часть была под контролем Андреса Авелино Касереса.
Умер, находясь на пенсии в 1905 году в Лиме.