Лионель Скалони начал карьеру в клубе «Ньюэллс Олд Бойз» в 1995 году. Через год он перешёл в «Эстудиантес» и выступал там 2 сезона. В 1998 году Скалони перешёл в испанский клуб «Депортиво Ла-Корунья», заплативший за переход аргентинца 2,6 млн евро. Он дебютировал в составе команды 4 января 1998 года в матче с хихонским «Спортингом». Всего за «Депортиво» Скалони выступал 9 лет. Он выиграл с клубом чемпионат, Кубок и два Суперкубка Испании.
31 января 2006 года Скалони, на правах аренды, перешёл в английский клуб «Вест Хэм Юнайтед». Причиной ухода Лионеля из «Депортиво» стал конфликт с главным тренером команды, Хоакином Капарросом и желание иметь игровую практику, чтобы попасть в состав сборной Аргентины на чемпионат мира. 4 февраля Скалони дебютировал в составе клуба в матче с «Сандерлендом». По окончании сезона, Скалони вернулся в «Депортиво». 1 сентября 2006 года, он, вместе с Диего Тристаном, по обоюдному согласию с клубом, разорвал контракт с «Депортиво». 13 сентября 2006 года Скарони заключил контракт с «Расингом» из Сантандера, в котором провёл 1 сезон.
30 июня 2007 года Скалони перешёл в итальянский «Лацио», подписав контракт на 5 лет. Но уже 26 января 2008 года футболист был передан в аренду в испанскую «Мальорку». В июне 2009 года Скалони вернулся в «Лацио» по просьбе тренера Давиде Баллардини.
Скалони начал международную карьеру в 1997 году в составе молодёжной сборной Аргентины, с которой он выиграл молодёжный чемпионат мира в Малайзии.
В составе первой сборной Аргентины Скалони дебютировал 30 апреля 2003 года в игре с Ливией. В 2006 году Скалони поехал в составе сборной на чемпионат мира, заменив ветерана Хавьера Санетти, где провёл 1 игру против Мексики. Всего за национальную команду он сыграл 7 матчей.