В начале 1998 года Лина Красноруцкая стала победительницей юниорского турнира «Les Petits As» — неофициального чемпионата мира в возрасте до 14 лет, а в 1999 году — чемпионкой мира среди девушек по версии Международной федерации тенниса (ITF). В том же году, в 15 лет, она выиграла Открытый чемпионат США среди девушек. В своём первом турнире WTA-тура в Люксембурге она победила Магдалену Малееву и Сильвию Фарину и дошла до полуфинала. На этот же год приходится её первая и единственная победа в одиночном разряде во «взрослом» турнире, одержанная на турнире ITF в Италии.
В 2001 году, в 17 лет, Красноруцкая доходит до четвертьфинала Открытого чемпионата Франции в одиночном разряде и до финала Кубка Кремля (турнира первой категории) в паре с Еленой Дементьевой. В этом сезоне она одерживает ряд побед над теннисистками из первой двадцатки мирового рейтинга: Аранчей Санчес, Анке Хубер, Натали Тозья, и заканчивает сезон на 34 месте в рейтинге, сделав скачок в сто мест по сравнению с предыдущим годом. Однако в начале 2002 года на Открытом чемпионате Австралии она уже в первом туре травмирует ногу, выбывает из соревнований до августа и скатывается в третью сотню в рейтинге. Через месяц после возвращения она доходит до четвертьфинала на турнире в Бали, затем до полуфинала Pattaya Open в одиночном разряде и до финала этого же турнира в паре с Татьяной Пановой.
2003 год становится наиболее успешным для Красноруцкой. В этом году она победила бывшую первую ракетку мира Селеш, всё ещё входящую в число лучших десяти теннисисток мира, на турнире в Дохе и действующую первую ракетку мира Ким Клейстерс на пути в финал турнира первой категории Canada Masters в Торонто. В парах они с Дементьевой выиграли турнир в Хертогенбосе и вышли в полуфинал Уимблдонского турнира, нанеся в третьем туре поражение Винус и Серене Уильямс. В смешанных парах Красноруцкая и канадец Даниэль Нестор вышли в финал Открытого чемпионата США.
К началу 2004 года Красноруцкая достигает высших в своей карьере позиций в одиночном и парном рейтинге, но полученная в конце 2003 года новая травма не позволила ей в полную силу играть в первой половине следующего сезона. Она не участвовала в турнирах с апреля по июнь. Почти сразу после возвращения она дошла до полуфинала в Хертогенбосе, где уступила Мари Пьерс, но после этого сыграла в этом году только четыре матча; последовавшая болезнь заставила её зачехлить ракетку в начале 2005 года, ещё до того, как ей исполнился 21 год, не успев полностью реализовать свой большой потенциал.
С начала 2000-х годов вместе с отцом, Заслуженным тренером России Владимиром Викторовичем Красноруцким, участвует в организации «Теннисной академии Красноруцких». Проект комплекса был подготовлен обнинским архитектором Ваником Давтяном ещё в 2004 году. Из-за финансовых сложностей проект был надолго заморожен, и строительство академии возобновилось лишь в 2009 году.
В середине 2000-х годов Лина Красноруцкая работала спортивным комментатором на канале НТВ-Плюс Теннис, но позже вновь вернулась к тренерской практике. В частности, она стала тренером молодой российской теннисистки Надежды Гуськовой.