Дочь журналиста и просветителя Й. В. Яннсена, Койдула со школьных лет помогала отцу в издании газеты «Пярнуский почтальон» (эст. «Perno postimees») — делала переводы, адаптировала художественные произведения и т. д. В то же время написаны и её первые стихи, вначале на немецком языке.
Именно в газетной работе Койдула встречалась со многими общественными деятелями оживившегося в середине прошлого столетия национального движения, под их воздействием зародились её взгляды и убеждения. Во второй половине 1860-х годов Койдула стала популярной поэтессой, автором гражданственных и патриотических произведений.
Выйдя в 1873 году замуж за врача Э. Михельсона, Койдула была вынуждена жить в Кронштадте, где её муж служил военным врачом. И хотя Койдула часто бывала в Эстонии, она болезненно ощущала разлуку с родиной. Болезнь рано оборвала её жизнь, она умерла в Кронштадте. В 60-ю годовщину смерти её прах был перевезен в Эстонию и захоронен на таллинском кладбище Метсакальмисту.
На стене дома, где Лидия Койдула жила в Кронштадте, установлена мемориальная доска
В истории эстонской литературы Койдула оставила заметный след прежде всего в поэзии. Её патриотическая лирика оказалась в высшей степени актуальной для пробуждавшегося эстонского народа, и Койдулу как выразительницу народных чувств стали называть «Соловей с берегов Эмайыги» (эст. "Emaj?e ??bik") (так назывался сборник её стихов 1867 года). Большинство её произведений носит романтический характер: страстное сочувствие бедам и невзгодам эстонского народа, любовь к родине и дому, стремление как-то помочь своим соотечественникам и облегчить их участь.
В кронштадтский период в поэзии Койдулы преобладают элегические стихи, природная и любовная лирика. Тщательно работая над техникой стиха, она прокладывала дорогу поэтам следующих поколений. К основным достоинствам поэзии Койдулы относятся искренность и эмоциональность.
Койдула работала и в прозе, в основном для газет — приспосабливала произведения других авторов для эстонского читателя, делала свободные переводы.
Новое слово Койдула сказала и в эстонской драматургии: первая комедия «Племянник с Сааремаа» (эст. "Saaremaa onupoeg", 1870) была написана по сюжету немецкого драматурга Т. Кернера, но уже следующие комедии Койдулы были вполне оригинальны — «Сватушки» (эст. "Kosjakased" или "Maret ja Miina", 1870) и «Этакий мульк, или Сто вак соли» (эст. "S??rane mulk", 1872). С комедий Койдулы начал своё существование эстонский театр.
Краткая, плодотворная и полная драматизма жизнь Койдулы, её популярность среди читателей своего времени, её место в эстонском обществе, необычное для женщины в XIX веке, активное участие во всех культурных начинаниях постепенно превратили имя Койдулы в легенду. Ей и её семье посвящены несколько литературных произведений — «Час на стуле, который вращается» Я. Кросса, «Час духов на улице Яннсена» М. Унта, «Вируский певец и Койдула» А. Ундла-Пылдмяэ, «Той весной в Тарту» Т. Тувикесе и др.; ей посвящены десятки стихотворений известных эстонских поэтов; в Пярну есть мемориальный музей и памятник Койдуле; на слова её стихов создано множество песен.
На русском языке изданы: «Венок из слез души» (Таллин, 1993), «Стихи» (Москва, 1945, 1950), «Избранное» (Таллин, 1950, Москва, 1961). Стихотворения Л. Койдулы «Осенние думы» и «Вечерняя тишина» переведены на русский язык Игорем Северяниным и были включены в поэтический сборник «Игорь Северянин. Сочинения», вышедший в свет в 1990 году в таллинском издательстве «Ээсти раамат».