18 июня 2007 года футболист рано утром возвращался из пригородов Казани с празднования своего двадцатидвухлетия в качестве пассажира на мотоцикле. По невыясненным причинам, на подъезде к городу мотоцикл выбросило в кювет. Водитель, предположительно байкер, скрылся с места аварии.
Обнаруженный случайными прохожими в 5:15 утра 18 июня футболист с тяжелой черепно-мозговой травмой был отправлен в реанимацию НИИ травматологии и ортопедии. Там он находился в самой тяжёлой коме, его состояние оценивалось как стабильно тяжёлое. Гильмуллин был подключён к аппарату искусственной вентиляции лёгких, но положительных сдвигов не наблюдалось. 22 июня в 22:22 он скончался.
Есть мнение, что это спланированное убийство было организовано в отместку за опубликование информации о договорных матчах (и схемах, с участием «Рубина», «Луча-Энергии», «Томи» и т.д.). После смерти Гильмуллина на 3 месяца закрылся блог «Вся правда о футболе», который инкогнито ведут действующие футболисты, выступающие за клубы российского чемпионата. С октября блог возобновил свою работу, но июньских записей там теперь нет — удалены.