В. Н. Лебедев входил в Московскую группу любителей научного кино при МГУ. Эта группа регулярно проводила общедоступные лекции, сопровождаемые научными фильмами, устраивала воскресные чтения, активно содействовала использованию кино в научно-исследовательской работе. В. Н. Лебедев принимал непосредственное участие в организации университетского кинолектория, был одним из первых советских учёных, посвятивших себя разработке методов киносъёмки микроорганизмов. Он соединил кинокамеру с микроскопом и добился превосходныхрезультатов как в лабораторной, так и в творческо практике. Ещё в 1912 году на кинофабрике АО «Ханжонков и К°» создал первый отечественный научный фильм «Инфузории», основанный на микросъёмке. В лаборатории мастера работали крупнейшие мастера советской научной кинематографии: кинорежиссёры А. М. Згуриди, Б. Г. Долин, Н. В. Грачёв; конооператоры М. Г. Пискунов, А. Кудрявцев, А. Свешников, П. Косов и др.