В 1953 окончил Институт связи, затем несколько лет жил на Урале.
Вернувшись в Москву, поступил на филологический факультет МГУ (окончил в 1960).
Работал младшим научным сотрудником в секторе теоретической и прикладной лингвистики Института русского языка АН СССР. Автор и соавтор ряда научных работ в области структурной и математической лингвистики.
Один из первопроходцев трансформационной грамматики в СССР. Автор работ по трансформационному синтаксису немецкого языка и русского языка, по формальному моделированию транспозиции частей речи. Разработал трансформационно-генеративный подход к моделированию русского словообразования. Описал трансформацию сочинительного сокращения (см. сочинение) однородных членов предложения и конверсивную трансформацию (см. конверсивы) в русском языке. Работы К. И. Бабицкого оказали влияние на синтаксические концепции С. К. Шаумяна, Ю. Д. Апресяна, А. В. Гладкого, И. А. Мельчука, Е. В. Падучевой.
С середины 1960-х годов сблизился с участниками возникшего в те годы правозащитного движения, подписал несколько петиций протеста: в защиту А. Д. Синявского и Ю. М. Даниэля, А. И. Гинзбурга и Ю. Т. Галанскова. Был также известен в Москве как исполнитель «авторской песни»; наиболее известны его песни на стихи Ю.Даниэля.
Участник «демонстрации семерых» — акта протеста на Красной площади в Москве против вторжения советских войск в Чехословакию (25.08.1968). Арестован вместе с другими участниками демонстрации; в октябре 1968 признан Мосгорсудом виновным в «клевете на советский строй» и «групповых действиях, грубо нарушающих обществ, порядок», приговорен к 3 годам ссылки.
В 1968—1971 годах отбывал наказание в Коми АССР. После освобождения был полностью лишён возможности работать по специальности. Некоторое время работал плотником и разнорабочим в посёлке Щелыково Костромской области; занимался также переводами румынской поэзии.
В 1990 Б. получил почётное гражданство города Праги.
Фотопортреты: Надгробие: